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タイトルGlycoprotein organization of Chikungunya virus particles revealed by X-ray crystallography.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 468, Issue 7324, Page 709-712, Year 2010
掲載日2010年12月2日
著者James E Voss / Marie-Christine Vaney / Stéphane Duquerroy / Clemens Vonrhein / Christine Girard-Blanc / Elodie Crublet / Andrew Thompson / Gérard Bricogne / Félix A Rey /
PubMed 要旨Chikungunya virus (CHIKV) is an emerging mosquito-borne alphavirus that has caused widespread outbreaks of debilitating human disease in the past five years. CHIKV invasion of susceptible cells is ...Chikungunya virus (CHIKV) is an emerging mosquito-borne alphavirus that has caused widespread outbreaks of debilitating human disease in the past five years. CHIKV invasion of susceptible cells is mediated by two viral glycoproteins, E1 and E2, which carry the main antigenic determinants and form an icosahedral shell at the virion surface. Glycoprotein E2, derived from furin cleavage of the p62 precursor into E3 and E2, is responsible for receptor binding, and E1 for membrane fusion. In the context of a concerted multidisciplinary effort to understand the biology of CHIKV, here we report the crystal structures of the precursor p62-E1 heterodimer and of the mature E3-E2-E1 glycoprotein complexes. The resulting atomic models allow the synthesis of a wealth of genetic, biochemical, immunological and electron microscopy data accumulated over the years on alphaviruses in general. This combination yields a detailed picture of the functional architecture of the 25 MDa alphavirus surface glycoprotein shell. Together with the accompanying report on the structure of the Sindbis virus E2-E1 heterodimer at acidic pH (ref. 3), this work also provides new insight into the acid-triggered conformational change on the virus particle and its inbuilt inhibition mechanism in the immature complex.
リンクNature / PubMed:21124458
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.17 - 9 Å
構造データ

PDB-2xfb:
CHIKUNGUNYA E1 E2 ENVELOPE GLYCOPROTEINS FITTED IN SINDBIS VIRUS cryo- EM MAP
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 9.0 Å

PDB-2xfc:
CHIKUNGUNYA E1 E2 ENVELOPE GLYCOPROTEINS FITTED IN SEMLIKI FOREST VIRUS cryo-EM MAP
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 9.0 Å

PDB-3n40:
Crystal structure of the immature envelope glycoprotein complex of Chikungunya virus.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.17 Å

PDB-3n41:
Crystal structure of the mature envelope glycoprotein complex (spontaneous cleavage) of Chikungunya virus.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.01 Å

PDB-3n42:
Crystal structures of the mature envelope glycoprotein complex (furin cleavage) of Chikungunya virus.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.0 Å

PDB-3n43:
Crystal structures of the mature envelope glycoprotein complex (trypsin cleavage) of Chikungunya virus.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.58 Å

PDB-3n44:
Crystal structure of the mature envelope glycoprotein complex (trypsin cleavage; Osmium soak) of Chikungunya virus.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-OS:
OSMIUM ION

由来
  • chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
キーワードVIRUS / ALPHAVIRUS / RECEPTOR BINDING / MEMBRANE FUSION / ICOSAHEDRAL ENVELOPED VIRUS / VIRAL PROTEIN / IMMATURE HETERODIMER

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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