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Structure paper

タイトルATP-induced conformational dynamics in the AAA+ motor unit of magnesium chelatase.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 18, Issue 3, Page 354-365, Year 2010
掲載日2010年3月10日
著者Joakim Lundqvist / Hans Elmlund / Ragna Peterson Wulff / Lisa Berglund / Dominika Elmlund / Cecilia Emanuelsson / Hans Hebert / Robert D Willows / Mats Hansson / Martin Lindahl / Salam Al-Karadaghi /
PubMed 要旨Mg-chelatase catalyzes the first committed step of the chlorophyll biosynthetic pathway, the ATP-dependent insertion of Mg(2+) into protoporphyrin IX (PPIX). Here we report the reconstruction using ...Mg-chelatase catalyzes the first committed step of the chlorophyll biosynthetic pathway, the ATP-dependent insertion of Mg(2+) into protoporphyrin IX (PPIX). Here we report the reconstruction using single-particle cryo-electron microscopy of the complex between subunits BchD and BchI of Rhodobacter capsulatus Mg-chelatase in the presence of ADP, the nonhydrolyzable ATP analog AMPPNP, and ATP at 7.5 A, 14 A, and 13 A resolution, respectively. We show that the two AAA+ modules of the subunits form a unique complex of 3 dimers related by a three-fold axis. The reconstructions demonstrate substantial differences between the conformations of the complex in the presence of ATP and ADP, and suggest that the C-terminal integrin-I domains of the BchD subunits play a central role in transmitting conformational changes of BchI to BchD. Based on these data a model for the function of magnesium chelatase is proposed.
リンクStructure / PubMed:20223218
手法EM (単粒子)
解像度7.5 - 14.0 Å
構造データ

1676

2x31

EMDB-1676: CryoEM 3D reconstruction of Rhodobacter capsulatus Mg-chelatase BchID complex in the presence of ADP
PDB-2x31: Modelling of the complex between subunits BchI and BchD of magnesium chelatase based on single-particle cryo-EM reconstruction at 7.5 ang
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

1677

2x31

EMDB-1677: CryoEM 3D reconstruction of Rhodobacter capsulatus Mg-chelatase BchID complex in the presence of ATP
PDB-2x31: Modelling of the complex between subunits BchI and BchD of magnesium chelatase based on single-particle cryo-EM reconstruction at 7.5 ang
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.0 Å

1678

2x31

EMDB-1678: CryoEM 3D reconstruction of Rhodobacter capsulatus Mg-chelatase BchID complex in the presence of AMPPNP
PDB-2x31: Modelling of the complex between subunits BchI and BchD of magnesium chelatase based on single-particle cryo-EM reconstruction at 7.5 ang
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.0 Å

由来
  • rhodobacter capsulatus (バクテリア)
キーワードLIGASE / BACTERIOCHLOROPHYLL BIOSYNTHESIS / PHOTOSYNTHESIS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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