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タイトルThe subnanometer resolution structure of the glutamate synthase 1.2-MDa hexamer by cryoelectron microscopy and its oligomerization behavior in solution: functional implications.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 283, Issue 13, Page 8237-8249, Year 2008
掲載日2008年3月28日
著者Magali Cottevieille / Eric Larquet / Slavica Jonic / Maxim V Petoukhov / Gianluca Caprini / Stefano Paravisi / Dmitri I Svergun / Maria A Vanoni / Nicolas Boisset /
PubMed 要旨The three-dimensional structure of the hexameric (alphabeta)(6) 1.2-MDa complex formed by glutamate synthase has been determined at subnanometric resolution by combining cryoelectron microscopy, ...The three-dimensional structure of the hexameric (alphabeta)(6) 1.2-MDa complex formed by glutamate synthase has been determined at subnanometric resolution by combining cryoelectron microscopy, small angle x-ray scattering, and molecular modeling, providing for the first time a molecular model of this complex iron-sulfur flavoprotein. In the hexameric species, interprotomeric alpha-alpha and alpha-beta contacts are mediated by the C-terminal domain of the alpha subunit, which is based on a beta helical fold so far unique to glutamate synthases. The alphabeta protomer extracted from the hexameric model is fully consistent with it being the minimal catalytically active form of the enzyme. The structure clarifies the electron transfer pathway from the FAD cofactor on the beta subunit, to the FMN on the alpha subunit, through the low potential [4Fe-4S](1+/2+) centers on the beta subunit and the [3Fe-4S](0/1+) cluster on the alpha subunit. The (alphabeta)(6) hexamer exhibits a concentration-dependent equilibrium with alphabeta monomers and (alphabeta)(2) dimers, in solution, the hexamer being destabilized by high ionic strength and, to a lower extent, by the reaction product NADP(+). Hexamerization seems to decrease the catalytic efficiency of the alphabeta protomer only 3-fold by increasing the K(m) values measured for l-Gln and 2-OG. However, it cannot be ruled out that the (alphabeta)(6) hexamer acts as a scaffold for the assembly of multienzymatic complexes of nitrogen metabolism or that it provides a means to regulate the activity of the enzyme through an as yet unknown ligand.
リンクJ Biol Chem / PubMed:18199747
手法EM (単粒子)
解像度9.5 Å
構造データ

1440

2vdc

EMDB-1440: The subnanometer resolution structure of the glutamate synthase 1.2-MDa hexamer by cryoelectron microscopy and its oligomerization behavior in solution: functional implications.
PDB-2vdc: THE 9.5 A RESOLUTION STRUCTURE OF GLUTAMATE SYNTHASE FROM CRYO-ELECTRON MICROSCOPY AND ITS OLIGOMERIZATION BEHAVIOR IN SOLUTION: FUNCTIONAL IMPLICATIONS.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.5 Å

化合物

ChemComp-OMT:
S-DIOXYMETHIONINE / L-メチオニンスルホン

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-AKG:
2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

由来
  • azospirillum brasilense (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE / AMIDOTRANSFERASE / AMMONIA ASSIMILATION / NADP / IRON / ZYMOGEN / NADPH-DEPENDENT GLUTAMATE SYNTHASE / IRON SULPHUR FLAVOPROTEIN / GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE / GLUTAMATE BIOSYNTHESIS / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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