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タイトルModulation of cardiac ryanodine receptor 2 by calmodulin.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 572, Issue 7769, Page 347-351, Year 2019
掲載日2019年7月5日
著者Deshun Gong / Ximin Chi / Jinhong Wei / Gewei Zhou / Gaoxingyu Huang / Lin Zhang / Ruiwu Wang / Jianlin Lei / S R Wayne Chen / Nieng Yan /
PubMed 要旨The high-conductance intracellular calcium (Ca) channel RyR2 is essential for the coupling of excitation and contraction in cardiac muscle. Among various modulators, calmodulin (CaM) regulates RyR2 ...The high-conductance intracellular calcium (Ca) channel RyR2 is essential for the coupling of excitation and contraction in cardiac muscle. Among various modulators, calmodulin (CaM) regulates RyR2 in a Ca-dependent manner. Here we reveal the regulatory mechanism by which porcine RyR2 is modulated by human CaM through the structural determination of RyR2 under eight conditions. Apo-CaM and Ca-CaM bind to distinct but overlapping sites in an elongated cleft formed by the handle, helical and central domains. The shift in CaM-binding sites on RyR2 is controlled by Ca binding to CaM, rather than to RyR2. Ca-CaM induces rotations and intradomain shifts of individual central domains, resulting in pore closure of the PCB95 and Ca-activated channel. By contrast, the pore of the ATP, caffeine and Ca-activated channel remains open in the presence of Ca-CaM, which suggests that Ca-CaM is one of the many competing modulators of RyR2 gating.
リンクNature / PubMed:31278385
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 4.4 Å
構造データ

9831

6ji0

EMDB-9831, PDB-6ji0:
Structure of RyR2 (F/A/C/Ca2+ dataset)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

9833

6ji8

EMDB-9833, PDB-6ji8:
Structure of RyR2 (F/apoCaM dataset)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

9834

6jii

EMDB-9834, PDB-6jii:
Structure of RyR2 (F/A/C/L-Ca2+/apo-CaM-M dataset)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

9836

6jiu

EMDB-9836, PDB-6jiu:
Structure of RyR2 (F/A/C/L-Ca2+/Ca2+CaM dataset)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

9837

6jiy

EMDB-9837, PDB-6jiy:
Structure of RyR2 (F/A/C/H-Ca2+/Ca2+CaM dataset)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

9879

6jrr

EMDB-9879, PDB-6jrr:
Structure of RyR2 (*F/A/C/L-Ca2+ dataset)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

9880

6jrs

EMDB-9880, PDB-6jrs:
Structure of RyR2 (*F/A/C/L-Ca2+/Ca2+-CaM dataset)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

9889

6jv2

EMDB-9889, PDB-6jv2:
Structure of RyR2 (P/L-Ca2+/Ca2+-CaM dataset)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-CFF:
CAFFEINE / カフェイン / 薬剤*YM

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN/ISOMERASE / MEMBRANE PROTEIN-ISOMERASE complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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