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タイトルThe Structural Basis for the Binding of Repaglinide to the Pancreatic K Channel.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 27, Issue 6, Page 1848-11857.e4, Year 2019
掲載日2019年5月7日
著者Dian Ding / Mengmeng Wang / Jing-Xiang Wu / Yunlu Kang / Lei Chen /
PubMed 要旨Repaglinide (RPG) is a short-acting insulin secretagogue widely prescribed for the treatment of type 2 diabetes. It boosts insulin secretion by inhibiting the pancreatic ATP-sensitive potassium ...Repaglinide (RPG) is a short-acting insulin secretagogue widely prescribed for the treatment of type 2 diabetes. It boosts insulin secretion by inhibiting the pancreatic ATP-sensitive potassium channel (K). However, the mechanisms by which RPG binds to the K channel are poorly understood. Here, we describe two cryo-EM structures: the pancreatic K channel in complex with inhibitory RPG and adenosine-5'-(γ-thio)-triphosphate (ATPγS) at 3.3 Å and a medium-resolution structure of a RPG-bound mini SUR1 protein in which the N terminus of the inward-rectifying potassium channel 6.1 (Kir6.1) is fused to the ABC transporter module of the sulfonylurea receptor 1 (SUR1). These structures reveal the binding site of RPG in the SUR1 subunit. Furthermore, the high-resolution structure reveals the complex architecture of the ATP binding site, which is formed by both Kir6.2 and SUR1 subunits, and the domain-domain interaction interfaces.
リンクCell Rep / PubMed:31067468
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 6.45 Å
構造データ

9787

6jb1

EMDB-9787, PDB-6jb1:
Structure of pancreatic ATP-sensitive potassium channel bound with repaglinide and ATPgammaS at 3.3A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

9788

6jb3

EMDB-9788, PDB-6jb3:
Structure of SUR1 subunit bound with repaglinide
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

EMDB-9789:
Structure of a SUR1 fusion protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.45 Å

化合物

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

ChemComp-BJX:
Repaglinide / レパグリニド / 薬剤*YM

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • mesocricetus auratus (ネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / KATP / channel / repaglinide / Kir / ABC transporter / SUR / diabetes / insulin secretagogue

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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