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タイトルCryo-EM Structure and Assembly of an Extracellular Contractile Injection System.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 177, Issue 2, Page 370-383.e15, Year 2019
掲載日2019年4月4日
著者Feng Jiang / Ningning Li / Xia Wang / Jiaxuan Cheng / Yaoguang Huang / Yun Yang / Jianguo Yang / Bin Cai / Yi-Ping Wang / Qi Jin / Ning Gao /
PubMed 要旨Contractile injection systems (CISs) are cell-puncturing nanodevices that share ancestry with contractile tail bacteriophages. Photorhabdus virulence cassette (PVC) represents one group of ...Contractile injection systems (CISs) are cell-puncturing nanodevices that share ancestry with contractile tail bacteriophages. Photorhabdus virulence cassette (PVC) represents one group of extracellular CISs that are present in both bacteria and archaea. Here, we report the cryo-EM structure of an intact PVC from P. asymbiotica. This over 10-MDa device resembles a simplified T4 phage tail, containing a hexagonal baseplate complex with six fibers and a capped 117-nanometer sheath-tube trunk. One distinct feature of the PVC is the presence of three variants for both tube and sheath proteins, indicating a functional specialization of them during evolution. The terminal hexameric cap docks onto the topmost layer of the inner tube and locks the outer sheath in pre-contraction state with six stretching arms. Our results on the PVC provide a framework for understanding the general mechanism of widespread CISs and pave the way for using them as delivery tools in biological or therapeutic applications.
リンクCell / PubMed:30905475
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度2.9 - 6.2 Å
構造データ

9760

6j0b

EMDB-9760, PDB-6j0b:
Cryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection System, PVC sheath-tube complex in extended state
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

9761

6j0c

EMDB-9761, PDB-6j0c:
Cryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection System, PVC sheath complex in contracted state
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-9762:
Cryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection System, full length PVC particle in extended state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

9763

6j0f

EMDB-9763, PDB-6j0f:
Cryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection System, PVC sheath/tube terminator in extended state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

9764

6j0m

EMDB-9764, PDB-6j0m:
Cryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection System, PVC baseplate in extended state (reconstructed with C3 symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

9765

6j0n

EMDB-9765, PDB-6j0n:
Cryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection System, baseplate in extended state, refined in C6 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

由来
  • photorhabdus asymbiotica (バクテリア)
  • photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica (strain atcc 43949 / 3105-77) (バクテリア)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / assembly / Photorhabdus asymbiotica / PVC / contractile injection system / bacteriophage-like

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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