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タイトルStructure of Human Mitochondrial Translation Initiation Factor 3 Bound to the Small Ribosomal Subunit.
ジャーナル・号・ページiScience, Vol. 12, Page 76-86, Year 2019
掲載日2019年2月22日
著者Ravi K Koripella / Manjuli R Sharma / Md Emdadul Haque / Paul Risteff / Linda L Spremulli / Rajendra K Agrawal /
PubMed 要旨The human mitochondrial translational initiation factor 3 (IF3) carries mitochondrial-specific amino acid extensions at both its N and C termini (N- and C-terminal extensions [NTE and CTE, ...The human mitochondrial translational initiation factor 3 (IF3) carries mitochondrial-specific amino acid extensions at both its N and C termini (N- and C-terminal extensions [NTE and CTE, respectively]), when compared with its eubacterial counterpart. Here we present 3.3- to 3.5-Å-resolution cryoelectron microscopic structures of the mammalian 28S mitoribosomal subunit in complex with human IF3. Unique contacts observed between the 28S subunit and N-terminal domain of IF3 explain its unusually high affinity for the 28S subunit, whereas the position of the mito-specific NTE suggests NTE's role in binding of initiator tRNA to the 28S subunit. The location of the C-terminal domain (CTD) clarifies its anti-association activity, whereas the orientation of the mito-specific CTE provides a mechanistic explanation for its role in destabilizing initiator tRNA in the absence of mRNA. Furthermore, our structure hints at a possible role of the CTD in recruiting leaderless mRNAs for translation initiation. Our findings highlight unique features of IF3 in mitochondrial translation initiation.
リンクiScience / PubMed:30677741 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.32 - 3.48 Å
構造データ

9358

6neq

EMDB-9358, PDB-6neq:
Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit-Class-II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

9362

6nf8

EMDB-9362: Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit
PDB-6nf8: Structure of human mitochondrial translation initiation factor 3 bound to the small ribosomal subunit -Class I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Bovine (ウシ)
  • bos taurus (ウシ)
  • Human (ヒト)
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / Human mitochondrial translation Initiation Factor 3 / Mitochondrial translation Initiation Factor 3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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