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タイトルA structural model of flagellar filament switching across multiple bacterial species.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 8, Issue 1, Page 960, Year 2017
掲載日2017年10月16日
著者Fengbin Wang / Andrew M Burrage / Sandra Postel / Reece E Clark / Albina Orlova / Eric J Sundberg / Daniel B Kearns / Edward H Egelman /
PubMed 要旨The bacterial flagellar filament has long been studied to understand how a polymer composed of a single protein can switch between different supercoiled states with high cooperativity. Here we ...The bacterial flagellar filament has long been studied to understand how a polymer composed of a single protein can switch between different supercoiled states with high cooperativity. Here we present near-atomic resolution cryo-EM structures for flagellar filaments from both Gram-positive Bacillus subtilis and Gram-negative Pseudomonas aeruginosa. Seven mutant flagellar filaments in B. subtilis and two in P. aeruginosa capture two different states of the filament. These reliable atomic models of both states reveal conserved molecular interactions in the interior of the filament among B. subtilis, P. aeruginosa and Salmonella enterica. Using the detailed information about the molecular interactions in two filament states, we successfully predict point mutations that shift the equilibrium between those two states. Further, we observe the dimerization of P. aeruginosa outer domains without any perturbation of the conserved interior of the filament. Our results give new insights into how the flagellin sequence has been "tuned" over evolution.Bacterial flagellar filaments are composed almost entirely of a single protein-flagellin-which can switch between different supercoiled states in a highly cooperative manner. Here the authors present near-atomic resolution cryo-EM structures of nine flagellar filaments, and begin to shed light on the molecular basis of filament switching.
リンクNat Commun / PubMed:29038601 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度3.8 - 6.7 Å
構造データ

EMDB-8847, PDB-5wjt:
Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments N226Y
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-8848: Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments A39VN133H
PDB-5wju: Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments A39V, N133H
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-8849, PDB-5wjv:
Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments A233V
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-8850, PDB-5wjw:
Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments H84R
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-8851, PDB-5wjx:
Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments S17P
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 6.7 Å

EMDB-8852, PDB-5wjy:
Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments S285P
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-8853, PDB-5wjz:
Cryo-EM structure of B. subtilis flagellar filaments E115G
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 5.7 Å

EMDB-8855, PDB-5wk5:
Cryo-EM structure of P. aeruginosa flagellar filaments A443V
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-8856, PDB-5wk6:
Cryo-EM structure of P. aeruginosa flagellar filaments G420A
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 4.3 Å

由来
  • bacillus subtilis (枯草菌)
  • Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
  • pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / dsm 22644 / cip 104116 / jcm 14847 / lmg 12228 / 1c / prs 101 / pao1) (緑膿菌)
キーワードPROTEIN FIBRIL / bacteria flagella / helical polymers / cryo-EM (低温電子顕微鏡法)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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