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Structure paper

タイトルA Near-Atomic Structure of the Dark Apoptosome Provides Insight into Assembly and Activation.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 25, Issue 1, Page 40-52, Year 2017
掲載日2017年1月3日
著者Tat Cheung Cheng / Ildikó V Akey / Shujun Yuan / Zhiheng Yu / Steven J Ludtke / Christopher W Akey /
PubMed 要旨In Drosophila, the Apaf-1-related killer (Dark) forms an apoptosome that activates procaspases. To investigate function, we have determined a near-atomic structure of Dark double rings using cryo- ...In Drosophila, the Apaf-1-related killer (Dark) forms an apoptosome that activates procaspases. To investigate function, we have determined a near-atomic structure of Dark double rings using cryo-electron microscopy. We then built a nearly complete model of the apoptosome that includes 7- and 8-blade β-propellers. We find that the preference for dATP during Dark assembly may be governed by Ser325, which is in close proximity to the 2' carbon of the deoxyribose ring. Interestingly, β-propellers in V-shaped domains of the Dark apoptosome are more widely separated, relative to these features in the Apaf-1 apoptosome. This wider spacing may be responsible for the lack of cytochrome c binding to β-propellers in the Dark apoptosome. Our structure also highlights the roles of two loss-of-function mutations that may block Dark assembly. Finally, the improved model provides a framework to understand apical procaspase activation in the intrinsic cell death pathway.
リンクStructure / PubMed:27916517 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.4 Å
構造データ

8177

5jul

EMDB-8177, PDB-5jul:
Near atomic structure of the Dark apoptosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

化合物

ChemComp-DTP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP

由来
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
キーワードAPOPTOSIS / Dark / apoptosome / apotosis / AAA+ ATPase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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