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Structure paper

タイトルArrangement of the Polymerase Complexes inside a Nine-Segmented dsRNA Virus.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 28, Issue 6, Page 604-612.e3, Year 2020
掲載日2020年6月2日
著者Jason T Kaelber / Wen Jiang / Scott C Weaver / Albert J Auguste / Wah Chiu /
PubMed 要旨Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle ...Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle reconstruction encounters difficulties resolving structures such as the intraparticle polymerase complex because refinement can converge to an incorrect map and because the map could depict a nonrepresentative subset of particles or an average of heterogeneous particles. Using the nine-segmented Fako virus, we tested hypotheses for the arrangement and number of polymerase complexes within the virion by measuring how well each hypothesis describes the set of cryoelectron microscopy images of individual viral particles. We find that the polymerase complex in Fako virus binds at ten possible sites despite having only nine genome segments. A single asymmetric configuration describes the arrangement of these complexes in both virions and genome-free capsids. Similarities between the arrangements of Reoviridae with 9, 10, and 11 segments indicate the generalizability of this architecture.
リンクStructure / PubMed:32049031 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 11.4 Å
構造データ

EMDB-7941:
Fako virus empty particles aligned to the best decoy map (asymmetric reconstruction) showing the locations of the polymerase complexes
手法: EM (単粒子)

7944

6djy

EMDB-7944: Fako virus full particles, icosahedral reconstruction
PDB-6djy: Fako virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-7945:
Fako virus empty particles, icosahedral reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-7948:
Fako virus empty particles, D2-symmetrized reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-7949:
Fako virus full particles, D2-symmetrized reconstruction
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-7953:
Fako virus empty particles, projection-matching reconstruction without imposed symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.4 Å

EMDB-7954:
Fako virus full particles, projection-matching reconstruction without imposed symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.7 Å

由来
  • fako virus (ウイルス)
キーワードVIRUS / capsid / virion / Reoviridae / T=2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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