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タイトルSystematic Analysis of Monoclonal Antibodies against Ebola Virus GP Defines Features that Contribute to Protection.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 174, Issue 4, Page 938-952.e13, Year 2018
掲載日2018年8月9日
著者Erica Ollmann Saphire / Sharon L Schendel / Marnie L Fusco / Karthik Gangavarapu / Bronwyn M Gunn / Anna Z Wec / Peter J Halfmann / Jennifer M Brannan / Andrew S Herbert / Xiangguo Qiu / Kshitij Wagh / Shihua He / Elena E Giorgi / James Theiler / Kathleen B J Pommert / Tyler B Krause / Hannah L Turner / Charles D Murin / Jesper Pallesen / Edgar Davidson / Rafi Ahmed / M Javad Aman / Alexander Bukreyev / Dennis R Burton / James E Crowe / Carl W Davis / George Georgiou / Florian Krammer / Christos A Kyratsous / Jonathan R Lai / Cory Nykiforuk / Michael H Pauly / Pramila Rijal / Ayato Takada / Alain R Townsend / Viktor Volchkov / Laura M Walker / Cheng-I Wang / Larry Zeitlin / Benjamin J Doranz / Andrew B Ward / Bette Korber / Gary P Kobinger / Kristian G Andersen / Yoshihiro Kawaoka / Galit Alter / Kartik Chandran / John M Dye / /
PubMed 要旨Antibodies are promising post-exposure therapies against emerging viruses, but which antibody features and in vitro assays best forecast protection are unclear. Our international consortium ...Antibodies are promising post-exposure therapies against emerging viruses, but which antibody features and in vitro assays best forecast protection are unclear. Our international consortium systematically evaluated antibodies against Ebola virus (EBOV) using multidisciplinary assays. For each antibody, we evaluated epitopes recognized on the viral surface glycoprotein (GP) and secreted glycoprotein (sGP), readouts of multiple neutralization assays, fraction of virions left un-neutralized, glycan structures, phagocytic and natural killer cell functions elicited, and in vivo protection in a mouse challenge model. Neutralization and induction of multiple immune effector functions (IEFs) correlated most strongly with protection. Neutralization predominantly occurred via epitopes maintained on endosomally cleaved GP, whereas maximal IEF mapped to epitopes farthest from the viral membrane. Unexpectedly, sGP cross-reactivity did not significantly influence in vivo protection. This comprehensive dataset provides a rubric to evaluate novel antibodies and vaccine responses and a roadmap for therapeutic development for EBOV and related viruses.
リンクCell / PubMed:30096313 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度16.0 - 28.0 Å
構造データ

EMDB-7908:
VIC170 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-7909:
VIC169 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-7910:
VIC167 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-7911:
VIC166 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-7912:
VIC165 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-7914:
VIC1164 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-7915:
VIC163 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-7916:
VIC161 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-7917:
VIC160 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-7918:
VIC158 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.0 Å

EMDB-7919:
VIC157 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-7920:
VIC142 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-7921:
VIC139 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-7922:
VIC133 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-7923:
VIC101 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-7924:
VIC94 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-7925:
VIC91 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-7926:
VIC82 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

EMDB-7927:
VIC43 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-7928:
VIC32 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-7929:
VIC26 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-7930:
VIC16 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

EMDB-7931:
VIC15 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.0 Å

EMDB-7932:
VIC12 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-7933:
VIC11 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-7934:
VIC130 Fab in complex with Ebola virus GP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 26.0 Å

由来
  • Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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