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タイトルTetrahymena RIB72A and RIB72B are microtubule inner proteins in the ciliary doublet microtubules.
ジャーナル・号・ページMol Biol Cell, Vol. 29, Issue 21, Page 2566-2577, Year 2018
掲載日2018年10月15日
著者Daniel Stoddard / Ying Zhao / Brian A Bayless / Long Gui / Panagiota Louka / Drashti Dave / Swati Suryawanshi / Raphaël F-X Tomasi / Pascale Dupuis-Williams / Charles N Baroud / Jacek Gaertig / Mark Winey / Daniela Nicastro /
PubMed 要旨Doublet and triplet microtubules are essential and highly stable core structures of centrioles, basal bodies, cilia, and flagella. In contrast to dynamic cytoplasmic micro-tubules, their luminal ...Doublet and triplet microtubules are essential and highly stable core structures of centrioles, basal bodies, cilia, and flagella. In contrast to dynamic cytoplasmic micro-tubules, their luminal surface is coated with regularly arranged microtubule inner proteins (MIPs). However, the protein composition and biological function(s) of MIPs remain poorly understood. Using genetic, biochemical, and imaging techniques, we identified Tetrahymena RIB72A and RIB72B proteins as ciliary MIPs. Fluorescence imaging of tagged RIB72A and RIB72B showed that both proteins colocalize to Tetrahymena cilia and basal bodies but assemble independently. Cryoelectron tomography of RIB72A and/or RIB72B knockout strains revealed major structural defects in the ciliary A-tubule involving MIP1, MIP4, and MIP6 structures. The defects of individual mutants were complementary in the double mutant. All mutants had reduced swimming speed and ciliary beat frequencies, and high-speed video imaging revealed abnormal highly curved cilia during power stroke. Our results show that RIB72A and RIB72B are crucial for the structural assembly of ciliary A-tubule MIPs and are important for proper ciliary motility.
リンクMol Biol Cell / PubMed:30133348 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度40.1 Å
構造データ

EMDB-7805:
Subtomogram average (699 axonemal repeats) of isolated Rib72A/B double knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.1 Å

EMDB-7806:
Subtomogram average (758 axonemal repeats) of isolated Rib72A knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.1 Å

EMDB-7807:
Subtomogram average (735 axonemal repeats) of isolated Rib72B knock out Tetrahymena cilia Rescued with Rib72B-GFP, showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.1 Å

EMDB-7811:
Subtomogram average (702 axonemal repeats) of isolated Rib72B knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 40.1 Å

由来
  • Tetrahymena thermophila (真核生物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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