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タイトルReducing effects of particle adsorption to the air-water interface in cryo-EM.
ジャーナル・号・ページNat Methods, Vol. 15, Issue 10, Page 793-795, Year 2018
掲載日2018年9月24日
著者Alex J Noble / Hui Wei / Venkata P Dandey / Zhening Zhang / Yong Zi Tan / Clinton S Potter / Bridget Carragher /
PubMed 要旨Most protein particles prepared in vitreous ice for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) are adsorbed to air-water or substrate-water interfaces, which can cause the particles to adopt ...Most protein particles prepared in vitreous ice for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) are adsorbed to air-water or substrate-water interfaces, which can cause the particles to adopt preferred orientations. By using a rapid plunge-freezing robot and nanowire grids, we were able to reduce some of the deleterious effects of the air-water interface by decreasing the dwell time of particles in thin liquid films. We demonstrated this by using single-particle cryo-EM and cryo-electron tomography (cryo-ET) to examine hemagglutinin, insulin receptor complex, and apoferritin.
リンクNat Methods / PubMed:30250056 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (単粒子)
解像度3.77 - 6.09 Å
構造データ

EMDB-7623:
Apoferritin with spot-to-plunge time of 100ms
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7624:
Hemagglutinin with spot-to-plunge time of 800ms
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7625:
Apoferritin with spot-to-plunge time of 400ms
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7627:
Apoferritin 0.5 mM TCEP with spot-to-plunge time of 170ms
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7628:
Hemagglutinin with spot-to-plunge time of 100ms
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7629:
Insulin-bound insulin receptor with spot-to-plunge time of 200ms
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7630:
Insulin-bound insulin receptor with spot-to-plunge time of 600ms
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-7788:
Insulin Receptor ectodomain in complex with two insulin molecules plunged with a spot-to-plunge time of 200 ms
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.93 Å

EMDB-7791:
Insulin Receptor ectodomain in complex with two insulin molecules plunged with a spot-to-plunge time of 800 ms
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.09 Å

EMDB-7792:
Influenza hemagglutinin trimer plunged with a spot-to-plunge time of 100 ms
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.77 Å

由来
  • Tabanus atratus (昆虫)
  • unidentified (未定義)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Influenza A virus (A/Hong Kong/26/1983(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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