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タイトルStabilized coronavirus spikes are resistant to conformational changes induced by receptor recognition or proteolysis.
ジャーナル・号・ページSci Rep, Vol. 8, Issue 1, Page 15701, Year 2018
掲載日2018年10月24日
著者Robert N Kirchdoerfer / Nianshuang Wang / Jesper Pallesen / Daniel Wrapp / Hannah L Turner / Christopher A Cottrell / Kizzmekia S Corbett / Barney S Graham / Jason S McLellan / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) emerged in 2002 as a highly transmissible pathogenic human betacoronavirus. The viral spike glycoprotein (S) utilizes angiotensin-converting ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) emerged in 2002 as a highly transmissible pathogenic human betacoronavirus. The viral spike glycoprotein (S) utilizes angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as a host protein receptor and mediates fusion of the viral and host membranes, making S essential to viral entry into host cells and host species tropism. As SARS-CoV enters host cells, the viral S is believed to undergo a number of conformational transitions as it is cleaved by host proteases and binds to host receptors. We recently developed stabilizing mutations for coronavirus spikes that prevent the transition from the pre-fusion to post-fusion states. Here, we present cryo-EM analyses of a stabilized trimeric SARS-CoV S, as well as the trypsin-cleaved, stabilized S, and its interactions with ACE2. Neither binding to ACE2 nor cleavage by trypsin at the S1/S2 cleavage site impart large conformational changes within stabilized SARS-CoV S or expose the secondary cleavage site, S2'.
リンクSci Rep / PubMed:30356097 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 13.2 Å
構造データ

EMDB-7573, PDB-6crv:
SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, C3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-7574, PDB-6crw:
SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, single upwards S1 CTD conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-7575, PDB-6crx:
SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, two S1 CTDs in the upwards conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-7576:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, three S1 CTDs in an upwards conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-7577, PDB-6crz:
SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, C3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-7578, PDB-6cs0:
SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, one S1 CTD in an upwards conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-7579, PDB-6cs1:
SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, two S1 CTDs in an upwards conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-7580:
SARS spike glycoprotein, trypsin-cleaved, stabilized variant, three S1 CTDs in an upwards conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.6 Å

EMDB-7581:
SARS spike glycoprotein, trypsin-cleaved, stabilized variant, three S1 CTDs in a downwards conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

EMDB-7582, PDB-6cs2:
SARS Spike Glycoprotein - human ACE2 complex, Stabilized variant, all ACE2-bound particles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-7584:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, ACE2-bound dataset, S1 CTD configuration: upwards, downwards, downwards
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-7585:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, ACE2-bound dataset, S1 CTD configuration: upwards, upwards, downwards
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-7586:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, S1 CTD configuration: ACE2-bound, downwards, downwards
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

EMDB-7601:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, S1 CTD configuration: ACE2-bound, downwards, upwards
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-7602:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, S1 CTD configuration: ACE2-bound, upwards, downwards
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

EMDB-7603:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, S1 CTD configurations: ACE2-bound, upwards, upwards
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.2 Å

EMDB-7604:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, S1 CTD configurations: ACE2-bound, ACE2-bound, downwards
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.1 Å

EMDB-7605:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, S1 CTD configurations: ACE2-bound, ACE2-bound, upwards
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.8 Å

EMDB-7606:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, S1 CTD configurations: ACE2-bound, ACE2-bound, ACE2-bound
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.3 Å

EMDB-7607:
SARS spike glycoprotein, stabilized variant, S1 CTD configurations: ACE2-bound, upwards/downwards mix, downwards
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-7608:
SARS spike glycoprotein, focused refinement of S1 CTD bound to ACE2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • human sars coronavirus (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / membrane fusion / glycoprotein / receptor binding / viral protein/hydrolase / viral protein-hydrolase complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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