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タイトルCracking the DNA Code for V(D)J Recombination.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 70, Issue 2, Page 358-370.e4, Year 2018
掲載日2018年4月19日
著者Min-Sung Kim / Watchalee Chuenchor / Xuemin Chen / Yanxiang Cui / Xing Zhang / Z Hong Zhou / Martin Gellert / Wei Yang /
PubMed 要旨To initiate V(D)J recombination for generating the adaptive immune response of vertebrates, RAG1/2 recombinase cleaves DNA at a pair of recombination signal sequences, the 12- and 23-RSS. We have ...To initiate V(D)J recombination for generating the adaptive immune response of vertebrates, RAG1/2 recombinase cleaves DNA at a pair of recombination signal sequences, the 12- and 23-RSS. We have determined crystal and cryo-EM structures of RAG1/2 with DNA in the pre-reaction and hairpin-forming complexes up to 2.75 Å resolution. Both protein and DNA exhibit structural plasticity and undergo dramatic conformational changes. Coding-flank DNAs extensively rotate, shift, and deform for nicking and hairpin formation. Two intertwined RAG1 subunits crisscross four times between the asymmetric pair of severely bent 12/23-RSS DNAs. Location-sensitive bending of 60° and 150° in 12- and 23-RSS spacers, respectively, must occur for RAG1/2 to capture the nonamers and pair the heptamers for symmetric double-strand breakage. DNA pairing is thus sequence-context dependent and structure specific, which partly explains the "beyond 12/23" restriction. Finally, catalysis in crystallo reveals the process of DNA hairpin formation and its stabilization by interleaved base stacking.
リンクMol Cell / PubMed:29628308 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.75 - 4.15 Å
構造データ

7470

6cg0

EMDB-7470: RAG1/2 HFC complex
PDB-6cg0: Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

7480

6cij

EMDB-7480, PDB-6cij:
Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

PDB-5zdz:
Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-5ze0:
Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.75 Å

PDB-5ze1:
Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.0 Å

PDB-5ze2:
Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.3 Å

PDB-6cik:
Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.15 Å

PDB-6cil:
PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.15 Å

PDB-6cim:
Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.6 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-MN:
Unknown entry

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / V(D)J recombination / RAG1-2-12RSS-23RSS complex / Hairpin forming complex / Hairpin complex / RECOMBINATION / RAG1/2 / RSS / Immunity / RECOMBINATION/DNA / RECOMBINATION-DNA complex / VDJ recombination

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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