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タイトルCatastrophic disassembly of actin filaments via Mical-mediated oxidation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 8, Issue 1, Page 2183, Year 2017
掲載日2017年12月19日
著者Elena E Grintsevich / Peng Ge / Michael R Sawaya / Hunkar Gizem Yesilyurt / Jonathan R Terman / Z Hong Zhou / Emil Reisler /
PubMed 要旨Actin filament assembly and disassembly are vital for cell functions. MICAL Redox enzymes are important post-translational effectors of actin that stereo-specifically oxidize actin's M44 and M47 ...Actin filament assembly and disassembly are vital for cell functions. MICAL Redox enzymes are important post-translational effectors of actin that stereo-specifically oxidize actin's M44 and M47 residues to induce cellular F-actin disassembly. Here we show that Mical-oxidized (Mox) actin can undergo extremely fast (84 subunits/s) disassembly, which depends on F-actin's nucleotide-bound state. Using near-atomic resolution cryoEM reconstruction and single filament TIRF microscopy we identify two dynamic and structural states of Mox-actin. Modeling actin's D-loop region based on our 3.9 Å cryoEM reconstruction suggests that oxidation by Mical reorients the side chain of M44 and induces a new intermolecular interaction of actin residue M47 (M47-O-T351). Site-directed mutagenesis reveals that this interaction promotes Mox-actin instability. Moreover, we find that Mical oxidation of actin allows for cofilin-mediated severing even in the presence of inorganic phosphate. Thus, in conjunction with cofilin, Mical oxidation of actin promotes F-actin disassembly independent of the nucleotide-bound state.
リンクNat Commun / PubMed:29259197 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / X線回折
解像度2.39 - 3.9 Å
構造データ

7007

6av9

EMDB-7007, PDB-6av9:
CryoEM structure of Mical Oxidized Actin (Class 1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.9 Å

7008

6avb

EMDB-7008, PDB-6avb:
CryoEM structure of Mical Oxidized Actin (Class 1)
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.9 Å

PDB-5ubo:
Mical-oxidized Actin complex with Gelsolin Segment 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.39 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-MPD:
(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤*YM / 2-Methyl-2,4-pentanediol

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

由来
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
  • Rabbit (ウサギ)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / GELSOLIN / ACTIN (アクチン) / METHIONINE OXIDATION / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / F-Actin (アクチン) / Mical / cytoskeleton (細胞骨格) / helix (螺旋)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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