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Structure paper

タイトルBase modifications reshape RNA folding landscapes and structure-function relationships in synthetic and natural RNAs.
ジャーナル・号・ページRes Sq, Year 2025
掲載日2025年5月29日
著者Ewan McRae / Deepak Yadav / Haoyun Yang / Sukyeong Lee /
PubMed 要旨Modified bases such as 5-methylcytosine (5mC) and N1-methyl-pseudouridine (N1Ψ) are widely used to reduce the immunogenicity of and enhance the stability and translational efficiency of therapeutic ...Modified bases such as 5-methylcytosine (5mC) and N1-methyl-pseudouridine (N1Ψ) are widely used to reduce the immunogenicity of and enhance the stability and translational efficiency of therapeutic RNAs, yet their effects on RNA 3D structure remain poorly understood. Here, we investigate how these base modifications influence the folding and function of structured RNAs using both an engineered RNA origami nanostructure and a naturally occurring ribozyme. We show that modified bases impair kinetic maturation of RNA nanostructures and promote alternative folding topologies via stabilization of noncanonical stacking arrangements. Cryo-EM and FRET experiments reveal that this conformational shift is driven not by changes in base pairing, but by altered stacking energetics at key junctions. Our findings highlight the need to consider structural consequences when using base modifications and offer design principles for the development of functional, structured RNAs in synthetic biology and therapeutic applications.
リンクRes Sq / PubMed:40502763 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.9 - 12.1 Å
構造データ

EMDB-70035: 5mC-6HBC-monomer RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-70036: 5mC-6HBC-Type-1-dimer RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.1 Å

EMDB-70037: 5mC-6HBC-TC-monomer RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

EMDB-70038: 5mC-TC-6HBC Type-2 dimer RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.3 Å

EMDB-70039: N1Y-TC-6HBC type-1 dimer RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.4 Å

EMDB-70040: N1Y-TC-6HBC type-2 dimer RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-70041: 5mC Tetrahymena Ribozyme
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

由来
  • synthetic construct (人工物)
  • Tetrahymena (真核生物)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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