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タイトルCryo-EM structures of MERS-CoV and SARS-CoV spike glycoproteins reveal the dynamic receptor binding domains.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 8, Page 15092, Year 2017
掲載日2017年4月10日
著者Yuan Yuan / Duanfang Cao / Yanfang Zhang / Jun Ma / Jianxun Qi / Qihui Wang / Guangwen Lu / Ying Wu / Jinghua Yan / Yi Shi / Xinzheng Zhang / George F Gao /
PubMed 要旨The envelope spike (S) proteins of MERS-CoV and SARS-CoV determine the virus host tropism and entry into host cells, and constitute a promising target for the development of prophylactics and ...The envelope spike (S) proteins of MERS-CoV and SARS-CoV determine the virus host tropism and entry into host cells, and constitute a promising target for the development of prophylactics and therapeutics. Here, we present high-resolution structures of the trimeric MERS-CoV and SARS-CoV S proteins in its pre-fusion conformation by single particle cryo-electron microscopy. The overall structures resemble that from other coronaviruses including HKU1, MHV and NL63 reported recently, with the exception of the receptor binding domain (RBD). We captured two states of the RBD with receptor binding region either buried (lying state) or exposed (standing state), demonstrating an inherently flexible RBD readily recognized by the receptor. Further sequence conservation analysis of six human-infecting coronaviruses revealed that the fusion peptide, HR1 region and the central helix are potential targets for eliciting broadly neutralizing antibodies.
リンクNat Commun / PubMed:28393837 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.5 - 4.2 Å
構造データ

EMDB-6703, PDB-5x58:
Prefusion structure of SARS-CoV spike glycoprotein, conformation 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-6704, PDB-5x59:
Prefusion structure of MERS-CoV spike glycoprotein, three-fold symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-6705, PDB-5x5b:
Prefusion structure of SARS-CoV spike glycoprotein, conformation 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-6706, PDB-5x5c:
Prefusion structure of MERS-CoV spike glycoprotein, conformation 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-6707, PDB-5x5f:
Prefusion structure of MERS-CoV spike glycoprotein, conformation 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

PDB-5x4r:
Structure of the N-terminal domain (NTD) of MERS-CoV spike protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5x4s:
Structure of the N-terminal domain (NTD)of SARS-CoV spike protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER /

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • sars coronavirus bj01 (SARSコロナウイルス)
  • middle east respiratory syndrome coronavirus (MERSコロナウイルス)
  • human sars coronavirus (SARSコロナウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / MERS-CoV (MERSコロナウイルス) / spike / N-terminal domain (N末端) / SARS-CoV (SARSコロナウイルス) / spike glycoprotein (スパイクタンパク質) / prefusion / single particle (単粒子解析法)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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