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Structure paper

タイトルIn situ architecture of the nuclear pore complex of the higher plant Arabidopsis thaliana.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 11, Issue 11, Page 2368-2380, Year 2025
掲載日2025年10月31日
著者Ingrid Berenice Sanchez Carrillo / Patrick C Hoffmann / Agnieszka Obarska-Kosinska / Victor Fourcassié / Martin Beck / Hugo Germain /
PubMed 要旨The nucleus is enclosed by the nuclear envelope, which contains nuclear pore complexes (NPCs). While NPCs have been well studied in vertebrates, yeast and algae, in situ structural data for higher ...The nucleus is enclosed by the nuclear envelope, which contains nuclear pore complexes (NPCs). While NPCs have been well studied in vertebrates, yeast and algae, in situ structural data for higher plants is lacking. Here we show that individual nucleoporins of Arabidopsis thaliana and humans exhibit high structural similarity. We report an in situ NPC structure of higher plants, derived from A. thaliana root protoplasts using cryo-electron tomography, subtomogram averaging and homology-based integrative modelling. We present the AtNPC model based on predictions of A. thaliana nucleoporins (NUPs), supported by mass spectrometry. Here the AtNPC scaffold contains one Y-complex ring at the cytosolic and two at the nuclear ring. The AtNPC contains prominent NUP155 connector elements that are conserved in human NPCs but not in Chlamydomonas reinhardtii NPCs. Our model suggests that the ELYS homologue HOS1 plays an important role in the head-to-tail connection of Y-complexes in AtNPCs.
リンクNat Plants / PubMed:41174229 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度33.0 - 39.0 Å
構造データ

EMDB-54653: Asymmetric subunit of the A. thaliana nuclear pore complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 39.0 Å

EMDB-54654: Inner ring segment of the A. thaliana nuclear pore complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.0 Å

EMDB-54655: Cytoplasmic ring segment of the A. thaliana nuclear pore complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.0 Å

EMDB-54656: Nuclear ring segment of the A. thaliana nuclear pore complex
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 36.0 Å

54657

9sob

EMDB-54657: Composite map of the A. thaliana nuclera pore complex
PDB-9sob: Structural Model of the Nuclear Pore Complex in Arabidopsis thaliana
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 33.0 Å

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nuclear Pore Complex / Nuclear Transport / Nuclear-cytoplasmic transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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