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タイトルSpatial constraints drive amylosome-mediated resistant starch degradation by Ruminococcus bromii in the human colon.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 10763, Year 2025
掲載日2025年11月26日
著者Benedikt H Wimmer / Sarah Moraïs / Itai Amit / Omar Tovar-Herrera / Meltem Tatli / Anke Trautwein-Schult / Barbara Pfister / Ran Zalk / Paloma Tödtli / Sebastian Simoni / Matteo Lisibach / Liron Levin / Dörte Becher / Edward A Bayer / Ohad Medalia / Itzhak Mizrahi /
PubMed 要旨Degradation of complex dietary fiber by gut microbes is essential for colonic fermentation, short-chain fatty acid production, and microbiome function. Ruminococcus bromii is the primary resistant ...Degradation of complex dietary fiber by gut microbes is essential for colonic fermentation, short-chain fatty acid production, and microbiome function. Ruminococcus bromii is the primary resistant starch (RS) degrader in humans, which relies on the amylosome, a specialized cell-bound enzymatic complex. To unravel its architecture, function, and the interplay among its components, we applied a holistic multilayered approach: Cryo-electron tomography reveals that the amylosome comprises a constitutive extracellular layer extending toward the RS substrate. Proteomics demonstrates remodeling of its contents across different growth conditions, with Amy4 and Amy16 comprising 60% of the amylosome in response to RS. Structural and biochemical analyses reveal complementarity and synergistic RS degradation by these enzymes. We demonstrate that amylosome composition and RS degradation are regulated at two levels: structural constraints and expression-driven shifts in enzyme proportions enforce enzyme proximity, which allows R. bromii to fine-tune its adaptation to dietary fiber and shape colonic metabolism.
リンクNat Commun / PubMed:41298524 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度2.8 - 14.0 Å
構造データ

53097

9qf3

EMDB-53097, PDB-9qf3:
Structure of the GH13 domain of Ruminococcus bromii Amy4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

53101

9qf8

EMDB-53101, PDB-9qf8:
Structure of the GH13 and MucBP domains of Ruminococcus bromii Amy10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

53102

9qf9

EMDB-53102, PDB-9qf9:
Structure of the GH13 domain of Ruminococcus bromii Amy16
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

53103

9qfa

EMDB-53103, PDB-9qfa:
Structure of the GH13 and MucBP domains of Ruminococcus bromii Amy12
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-53104: Ruminococcus bromii ribosome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 14.0 Å

由来
  • ruminococcus bromii l2-63 (バクテリア)
キーワードHYDROLASE / GH13 / Ruminococcus bromii / Amy4 / Amy10 / MucBP / Amy16 / Amy12

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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