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タイトルHow does scavenge lipids from its host membranes?
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 40, Page eady4746, Year 2025
掲載日2025年10月3日
著者Sina Manger / Serena M Arghittu / Lasse Sprankel / Jakob Meier-Credo / Konstantin Wieland / Daniela Bublak / Julian Langer / Roberto Covino / Achilleas S Frangakis /
PubMed 要旨Lipid acquisition and transport are fundamental processes in all organisms. Here, we investigate the lipid uptake and delivery mechanism of the minimal model organism . We show that the essential ...Lipid acquisition and transport are fundamental processes in all organisms. Here, we investigate the lipid uptake and delivery mechanism of the minimal model organism . We show that the essential protein P116 can transport lipids between liposomes independently and without adenosine 5'-triphosphate consumption. Our structural data and molecular dynamics simulations reveal the mechanism by which the amino-terminal region of P116 perturbs the membrane, the lipid transfer route, and the regulation of membrane binding by the cargo mass within P116's large hydrophobic cavity. When adequately filled with cargo, P116 undergoes a rapid conformational change that modulates membrane binding. Together, our results show that developed an integrated lipid uptake and delivery machinery that simplifies the complex multiprotein pathways used by higher developed organisms.
リンクSci Adv / PubMed:41032592 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.34 - 6.52 Å
構造データ

EMDB-18476: P116 (ectodomain AA 30-957) from Mycoplasma pneumoniae filled with a hydrophobic peptide.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

50314

9fch

EMDB-50314: P116 (amino acids 246-818) dimer in the full state
PDB-9fch: P116 dimer in the full state (PDB structure of the full-length ectodomain truncated to amino acids 246-818)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.52 Å

EMDB-51408: Mycoplasma pneumoniae protein P116 ectodomain in the empty conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.36 Å

EMDB-51409: Mycoplasma pneumoniae protein P116 ectodomain in the full conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-51410: Mycoplasma pneumoniae protein P116 truncated ectodomain (aa 246-818) dimer in the empty conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.52 Å

EMDB-51411: Mycoplasma pneumoniae protein P116 truncated ectodomain (aa 246-818) monomer in the empty conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.43 Å

EMDB-51412: Mycoplasma pneumoniae protein P116 truncated ectodomain (aa 246-818) monomer in the empty conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

由来
  • mycoplasmoides pneumoniae m129 (バクテリア)
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Lipid Transfer Protein / Mycoplasma pneumoniae

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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