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タイトルSerialized on-grid lift-in sectioning for tomography (SOLIST) enables a biopsy at the nanoscale.
ジャーナル・号・ページNat Methods, Vol. 21, Issue 9, Page 1693-1701, Year 2024
掲載日2024年9月13日
著者Ho Thuy Dung Nguyen / Gaia Perone / Nikolai Klena / Roberta Vazzana / Flaminia Kaluthantrige Don / Malan Silva / Simona Sorrentino / Paolo Swuec / Frederic Leroux / Nereo Kalebic / Francesca Coscia / Philipp S Erdmann /
PubMed 要旨Cryo-focused ion beam milling has substantially advanced our understanding of molecular processes by opening windows into cells. However, applying this technique to complex samples, such as tissues, ...Cryo-focused ion beam milling has substantially advanced our understanding of molecular processes by opening windows into cells. However, applying this technique to complex samples, such as tissues, has presented considerable technical challenges. Here we introduce an innovative adaptation of the cryo-lift-out technique, serialized on-grid lift-in sectioning for tomography (SOLIST), addressing these limitations. SOLIST enhances throughput, minimizes ice contamination and improves sample stability for cryo-electron tomography. It thereby facilitates the high-resolution imaging of a wide range of specimens. We illustrate these advantages on reconstituted liquid-liquid phase-separated droplets, brain organoids and native tissues from the mouse brain, liver and heart. With SOLIST, cellular processes can now be investigated at molecular resolution directly in native tissue. Furthermore, our method has a throughput high enough to render cryo-lift-out a competitive tool for structural biology. This opens new avenues for unprecedented insights into cellular function and structure in health and disease, a 'biopsy at the nanoscale'.
リンクNat Methods / PubMed:39271806 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度7.3 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-50580: SOLIST cryo-tomogram of native left ventricle mouse heart muscle #1
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50582: SOLIST native mouse heart muscle tomogram #2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50592: SOLIST native mouse heart muscle tomogram #3
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50603: SOLIST cryo-tomogram of native mouse corpus callosum #1
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50604: SOLIST cryo-tomogram of native mouse corpus callosum #2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50605: native mouse liver solist tomogram #1
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50606: native mouse liver solist tomogram #2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50607: SOLIST cryo-tomogram of human brain organoid #1
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50608: SOLIST cryo-tomogram of human brain organoid #2
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50620: S. cerevisiae ribosome from SOLIST lamellas
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-50630: mus musculus ribosome from SOLIST lamellas
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.3 Å

EMDB-50646: mus musculus heart thin filament from SOLIST lamellas
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-50655: mus musculus heart thin filament with myosin heads from SOLIST lamellas
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.0 Å

由来
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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