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タイトルStructural basis of VCP-VCPIP1-p47 ternary complex in Golgi maintenance.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 8025, Year 2025
掲載日2025年8月28日
著者Binita Shah / Moritz Hunkeler / Ariana Bratt / Hong Yue / Isabella Jaen Maisonet / Eric S Fischer / Sara J Buhrlage /
PubMed 要旨VCP/p97 regulates a wide range of cellular processes, including post-mitotic Golgi reassembly. In this context, VCP is assisted by p47, an adapter protein, and VCPIP1, a deubiquitylase (DUB). ...VCP/p97 regulates a wide range of cellular processes, including post-mitotic Golgi reassembly. In this context, VCP is assisted by p47, an adapter protein, and VCPIP1, a deubiquitylase (DUB). However, how they organize into a functional ternary complex to promote Golgi assembly remains unknown. Here, we use cryo-EM to characterize both VCP-VCPIP1 and VCP-VCPIP1-p47 complexes. We show that VCPIP1 engages VCP through two interfaces: one involving the N-domain of VCP and the UBX domain of VCPIP1, and the other involving the VCP D2 domains and a region of VCPIP1 we refer to as VCPID. The p47 UBX domain competitively binds to the VCP N-domain, while not affecting VCPID binding. We show that VCPID is critical for VCP-mediated enhancement of DUB activity and proper Golgi assembly. The ternary structure along with biochemical and cellular data provides new insights into the complex interplay of VCP with its co-factors.
リンクNat Commun / PubMed:40877265 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.3 - 4.0 Å
構造データ

48499

9mpq

EMDB-48499, PDB-9mpq:
Cryo-EM structure of VCP (consensus)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

48500

9mpr

EMDB-48500, PDB-9mpr:
Cryo-EM structure of three VCPIP1 VCPIDs bound to VCP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

48501

9mps

EMDB-48501, PDB-9mps:
Cryo-EM structure of VCPIP1 VCPID bound to VCP D2 domain dimer (with extra D2 domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

48502

9mpt

EMDB-48502, PDB-9mpt:
Cryo-EM structure of VCPIP1 UBX domain bound to VCP N-domain (with D1 domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-48503: Cryo-EM structure of VCP bound to VCPIP1 UBX and VCPID (with stalk region)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-48504: Cryo-EM structure of VCP bound to p47 UBX domain and VCPIP1 VCPIDs (with stalk region)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.63 Å

48505

9mpu

EMDB-48505, PDB-9mpu:
Cryo-EM structure of p47 bound to VCP N-domain (with D1 domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

48506

9mpv

EMDB-48506, PDB-9mpv:
Cryo-EM structure of three VCPIP1 VCPIDs bound to VCP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードHYDROLASE / double-ring hexameric complex / valosin containing protein / ATPase / VCP / mammalian / DUB / deubiquitinase / deubiquitinating enzyme / VCIP135 / p97 / VCPIP1 / VCPID / UBX / p47 / adapter / SHP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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