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タイトルCXCR4 mediated recognition of HIV envelope spike and inhibition by CXCL12.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 8653, Year 2025
掲載日2025年9月30日
著者Zhiying Zhang / Hongwei Zhang / Lyuqin Zheng / Shihua Chen / Shuo Du / Junyu Xiao / Dinshaw J Patel /
PubMed 要旨CCR5 and CXCR4 both act as HIV co-receptors, though CXCR4 is less explored. CXCR4 binds the chemokine CXCL12 to regulate cellular processes and mediate HIV entry, a process that CXCL12 inhibits. ...CCR5 and CXCR4 both act as HIV co-receptors, though CXCR4 is less explored. CXCR4 binds the chemokine CXCL12 to regulate cellular processes and mediate HIV entry, a process that CXCL12 inhibits. Using cryo-EM, we investigate HIV-2 envelope (Env) spike recognition by CXCR4 and how CXCL12 inhibit this interaction. We discover that CXCR4 unexpected forms a tetramer, both alone and in complex. It binds CXCL12 with 4:8 and 8:8 stoichiometries, with the CXCL12 N-terminus inserting into the CXCR4 pocket. Structures of CXCR4-gp120 complex show one or two gp120 molecules per CXCR4 tetramer, with the V3 loop occupying the major sub-pocket of CXCR4 through deep embedment of its GFKF motif. The CXCL12 N-terminus chashes with gp120 V3 loops, explain its inhibitory effect. Docking analyses of other HIV antagonists further clarify their mechanisms. The CXCR4-gp120 model illustrate how V3 loop residues define co-receptor specificity, offering insights into co-receptor switching and therapeutic design.
リンクNat Commun / PubMed:41027939 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.37 - 5.65 Å
構造データ

48182

9me1

EMDB-48182, PDB-9me1:
hCXCR4-CXCL12 complex with 1:1 stoichiometry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

48215

9mej

EMDB-48215, PDB-9mej:
Global structure of hCXCR4 and HIV-2 gp120
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.99 Å

48218

9men

EMDB-48218: cryoEM structure of hCXCR4 tetramer bound to HIV-2/gp120/V3 loop
PDB-9men: CryoEM structure of hCXCR4 tetramer bound to HIV-2/gp120/V3 loop
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

48219

9met

EMDB-48219, PDB-9met:
CXCR4-HIV-2/gp120-CD4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.65 Å

48220

9meu

EMDB-48220, PDB-9meu:
CXCR4 tetramer bound to 4 CXCL12 dimers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.46 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • virus-associated rnas (ウイルス)
  • Cronobacter phage ES2 (ファージ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / HIV block / GPCR / HIV-2 / gp120 / CXCR4 / receptor / HIV-2 gp120 / V3 loop / hCXCR4 / CD4 / D1-D2 / CXCL12

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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