[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルLarge library docking identifies positive allosteric modulators of the calcium-sensing receptor.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 385, Issue 6715, Page eado1868, Year 2024
掲載日2024年9月20日
著者Fangyu Liu / Cheng-Guo Wu / Chia-Ling Tu / Isabella Glenn / Justin Meyerowitz / Anat Levit Kaplan / Jiankun Lyu / Zhiqiang Cheng / Olga O Tarkhanova / Yurii S Moroz / John J Irwin / Wenhan Chang / Brian K Shoichet / Georgios Skiniotis /
PubMed 要旨Positive allosteric modulator (PAM) drugs enhance the activation of the calcium-sensing receptor (CaSR) and suppress parathyroid hormone (PTH) secretion. Unfortunately, these hyperparathyroidism- ...Positive allosteric modulator (PAM) drugs enhance the activation of the calcium-sensing receptor (CaSR) and suppress parathyroid hormone (PTH) secretion. Unfortunately, these hyperparathyroidism-treating drugs can induce hypocalcemia and arrhythmias. Seeking improved modulators, we docked libraries of 2.7 million and 1.2 billion molecules against the CaSR structure. The billion-molecule docking found PAMs with a 2.7-fold higher hit rate than the million-molecule library, with hits up to 37-fold more potent. Structure-based optimization led to nanomolar leads. In ex vivo organ assays, one of these PAMs was 100-fold more potent than the standard of care, cinacalcet, and reduced serum PTH levels in mice without the hypocalcemia typical of CaSR drugs. As determined from cryo-electron microscopy structures, the PAMs identified here promote CaSR conformations that more closely resemble the activated state than those induced by the established drugs.
リンクScience / PubMed:39298584 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.5 Å
構造データ

45127

9c1p

EMDB-45127, PDB-9c1p:
Structure of Calcium-Sensing Receptor in complex with positive allosteric modulator '6218
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

45156

9c2f

EMDB-45156, PDB-9c2f:
Structure of Calcium-Sensing Receptor in complex with positive allosteric modulator '54149
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-45792: Constituent EM map: focused refinement of the Venus flytrap (VFT) and cysteine-rich (CRD) domains of the calcium-sensing receptor.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-45795: Focused refinement of the Heptahelical transmembrane (7TM) domain of the calcium-sensing receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-45804: Raw Consensus map of the Calcium-Sensing Receptor in complex with positive allosteric modulator '6218
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-45882: Raw Consensus map of the Calcium-Sensing Receptor in complex with positive allosteric modulator '54149
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-45901: Focused refinement of the Heptahelical transmembrane (7TM) domain of the calcium-sensing receptor bound to positive modulator '54149
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-45902: Focused refinement of the Venus flytrap domain of the calcium-sensing receptor bound to positive modulator '54149
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-TRP:
TRYPTOPHAN

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION

PDB-1atp:
2.2 angstrom refined crystal structure of the catalytic subunit of cAMP-dependent protein kinase complexed with MNATP and a peptide inhibitor

PDB-1atx:
THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE NEUROTOXIN ATX IA FROM ANEMONIA SULCATA IN AQUEOUS SOLUTION DETERMINED BY NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-protein coupled receptor / calcium-sensing

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る