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タイトルObservation of the Protein-Inorganic Interface of Ferritin by Cryo-Electron Microscopy.
ジャーナル・号・ページJ Am Chem Soc, Vol. 147, Issue 4, Page 3333-3340, Year 2025
掲載日2025年1月29日
著者Sagnik Sen / Amar Thaker / Alison Haymaker / Dewight Williams / Po-Lin Chiu / Brent L Nannenga /
PubMed 要旨Visualizing the structure of the protein-inorganic interface is critically important for a more complete understanding of biomineralization. Unfortunately, there are limited approaches for the direct ...Visualizing the structure of the protein-inorganic interface is critically important for a more complete understanding of biomineralization. Unfortunately, there are limited approaches for the direct and detailed study of biomolecules that interact with inorganic materials. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to study the protein-nanoparticle (NP) interactions of human light chain ferritin and visualize the high-resolution details of the protein-inorganic interface. In this work, we determined the 2.85 Å structure of human light chain ferritin bound to its native iron oxide NP substrate. The resulting cryo-EM maps confirmed and enhanced previously proposed interactions of the protein with the material along the B-helix and revealed new interaction at the C-terminus of light chain ferritin. This work sheds new light on the mechanisms of ferritin biomineralization and further demonstrates the application of cryo-EM for the study of protein-inorganic systems.
リンクJ Am Chem Soc / PubMed:39815632
手法EM (単粒子)
解像度2.1 - 3.3 Å
構造データ

44778

9bpi

EMDB-44778: C-terminus truncated (last two residues) mutant of Human light chain ferritin reacted with Ferrous salt(3 Fe2+ per ferritin subunit) . Reconstruction of particles with one nanoparticle.
PDB-9bpi: C-terminus truncated (last two residues) mutant of Human light chain ferritin reacted with Ferrous salt(3 Fe2+ per ferritin subunit) . Reconstruction of particles with one nanoparticle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

44779

9bpj

EMDB-44779: Human light chain ferritin reacted with iron (3 Fe2+ to ferritin monomer ratio). Reconstruction of particles with one nanoparticle.
PDB-9bpj: Human light chain ferritin reacted with iron (3 Fe2+ to ferritin monomer ratio). Reconstruction of particles with one nanoparticle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

44780

9bpk

EMDB-44780: Human light chain ferritin reacted with iron (3 Fe2+ to ferritin monomer ratio). Reconstruction of particles with no nanoparticle.
PDB-9bpk: Human light chain ferritin reacted with iron (3 Fe2+ to ferritin monomer ratio). Reconstruction of particles with no nanoparticle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

44797

9bq5

EMDB-44797, PDB-9bq5:
C-terminus truncated (last two residues) mutant of Human light chain ferritin reacted with iron (3 Fe2+ to ferritin monomer ratio). Reconstruction of particles with no nanoparticle.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.36 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Iron oxide binding protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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