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Structure paper

タイトルMolecular mechanism of contactin 2 homophilic interaction.
ジャーナル・号・ページStructure, Year 2024
掲載日2024年6月28日
著者Shanghua Fan / Jianfang Liu / Nicolas Chofflet / Aaron O Bailey / William K Russell / Ziqi Zhang / Hideto Takahashi / Gang Ren / Gabby Rudenko /
PubMed 要旨Contactin 2 (CNTN2) is a cell adhesion molecule involved in axon guidance, neuronal migration, and fasciculation. The ectodomains of CNTN1-CNTN6 are composed of six Ig domains (Ig1-Ig6) and four FN ...Contactin 2 (CNTN2) is a cell adhesion molecule involved in axon guidance, neuronal migration, and fasciculation. The ectodomains of CNTN1-CNTN6 are composed of six Ig domains (Ig1-Ig6) and four FN domains. Here, we show that CNTN2 forms transient homophilic interactions (K ∼200 nM). Cryo-EM structures of full-length CNTN2 and CNTN2_Ig1-Ig6 reveal a T-shaped homodimer formed by intertwined, parallel monomers. Unexpectedly, the horseshoe-shaped Ig1-Ig4 headpieces extend their Ig2-Ig3 tips outwards on either side of the homodimer, while Ig4, Ig5, Ig6, and the FN domains form a central stalk. Cross-linking mass spectrometry and cell-based binding assays confirm the 3D assembly of the CNTN2 homodimer. The interface mediating homodimer formation differs between CNTNs, as do the homophilic versus heterophilic interaction mechanisms. The CNTN family thus encodes a versatile molecular platform that supports a very diverse portfolio of protein interactions and that can be leveraged to strategically guide neural circuit development.
リンクStructure / PubMed:38968938
手法EM (単粒子)
解像度3.51 - 3.77 Å
構造データ

44395

9ba4

EMDB-44395, PDB-9ba4:
Full-length cross-linked Contactin 2 (CNTN2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

44396

9ba5

EMDB-44396, PDB-9ba5:
Cross-linked Contactin 2 Ig1-Ig6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

EMDB-44397: Full-length cross-linked Contactin 2 (FN1 apart)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.77 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / contactins / adhesion molecule / protein structure / conformational changes / homodimer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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