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タイトルCryo-EM structure of the brine shrimp mitochondrial ATP synthase suggests an inactivation mechanism for the ATP synthase leak channel.
ジャーナル・号・ページCell Death Differ, Year 2025
掲載日2025年3月19日
著者Amrendra Kumar / Juliana da Fonseca Rezende E Mello / Yangyu Wu / Daniel Morris / Ikram Mezghani / Erin Smith / Stephane Rombauts / Peter Bossier / Juno Krahn / Fred J Sigworth / Nelli Mnatsakanyan /
PubMed 要旨Mammalian mitochondria undergo Ca-induced and cyclosporinA (CsA)-regulated permeability transition (mPT) by activating the mitochondrial permeability transition pore (mPTP) situated in mitochondrial ...Mammalian mitochondria undergo Ca-induced and cyclosporinA (CsA)-regulated permeability transition (mPT) by activating the mitochondrial permeability transition pore (mPTP) situated in mitochondrial inner membranes. Ca-induced prolonged openings of mPTP under certain pathological conditions result in mitochondrial swelling and rupture of the outer membrane, leading to mitochondrial dysfunction and cell death. While the exact molecular composition and structure of mPTP remain unknown, mammalian ATP synthase was reported to form voltage and Ca-activated leak channels involved in mPT. Unlike in mammals, mitochondria of the crustacean Artemia franciscana have the ability to accumulate large amounts of Ca without undergoing the mPT. Here, we performed structural and functional analysis of A. franciscana ATP synthase to study the molecular mechanism of mPTP inhibition in this organism. We found that the channel formed by the A. franciscana ATP synthase dwells predominantly in its inactive state and is insensitive to Ca, in contrast to porcine heart ATP synthase. Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis revealed distinct structural features in A. franciscana ATP synthase compared with mammals. The stronger density of the e-subunit C-terminal region and its enhanced interaction with the c-ring were found in A. franciscana ATP synthase. These data suggest an inactivation mechanism of the ATP synthase leak channel and its possible contribution to the lack of mPT in this organism.
リンクCell Death Differ / PubMed:40108410
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 4.0 Å
構造データ

EMDB-43079: Artemia franciscana ATP synthase state 3a, pH 8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-44061, PDB-9b0x:
Artemia franciscana ATP synthase state 2 (composite structure), pH 7.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-44087: Artemia franciscana ATP synthase state 1, pH 7.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-44094: Artemia franciscana ATP synthase state 3a, pH 7.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-44096: Artemia franciscana ATP synthase F1 domain, state 3a, pH 7.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-44142, PDB-9b3j:
Artemia franciscana ATP synthase state 2 (composite structure), pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

EMDB-44162: Artemia franciscana ATP synthase FO domain, state 2, pH 7.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-44165: Artemia franciscana ATP synthase F1 domain, state 2, pH 7.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-44169: Artemia franciscana ATP synthase FO domain, state 2, pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-44170: Artemia franciscana ATP synthase F1 domain, state 2, pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-44172: Artemia franciscana ATP synthase peripheral stalk, state 2, pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-44173: Artemia franciscana ATP synthase, state 1, pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-44177: Artemia franciscana ATP synthase, state 2, FOF1 with weak density of the peripheral stalk, pH 8.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-44776, PDB-9bpg:
Artemia franciscana ATP synthase FO domain, state 1, pH 7.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-49579: Artemia franciscana ATP synthase, state 2, pH 8.0, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-49580: Artemia franciscana ATP synthase, state 2, pH 7.0, consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

由来
  • artemia franciscana (甲殻類)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ATP synthesis / Complex V / mitochondria / oxidative-phosphorylation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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