[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructure-based design of a soluble human cytomegalovirus glycoprotein B antigen stabilized in a prefusion-like conformation.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 121, Issue 37, Page e2404250121, Year 2024
掲載日2024年9月10日
著者Madeline R Sponholtz / Patrick O Byrne / Alison G Lee / Ajit R Ramamohan / Jory A Goldsmith / Ryan S McCool / Ling Zhou / Nicole V Johnson / Ching-Lin Hsieh / Megan Connors / Krithika P Karthigeyan / Chelsea M Crooks / Adelaide S Fuller / John D Campbell / Sallie R Permar / Jennifer A Maynard / Dong Yu / Matthew J Bottomley / Jason S McLellan /
PubMed 要旨Human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) is a class III membrane fusion protein required for viral entry. HCMV vaccine candidates containing gB have demonstrated moderate clinical efficacy, ...Human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) is a class III membrane fusion protein required for viral entry. HCMV vaccine candidates containing gB have demonstrated moderate clinical efficacy, but no HCMV vaccine has been approved. Here, we used structure-based design to identify and characterize amino acid substitutions that stabilize gB in its metastable prefusion conformation. One variant containing two engineered interprotomer disulfide bonds and two cavity-filling substitutions (gB-C7), displayed increased expression and thermostability. A 2.8 Å resolution cryoelectron microscopy structure shows that gB-C7 adopts a prefusion-like conformation, revealing additional structural elements at the membrane-distal apex. Unlike previous observations for several class I viral fusion proteins, mice immunized with postfusion or prefusion-stabilized forms of soluble gB protein displayed similar neutralizing antibody titers, here specifically against an HCMV laboratory strain on fibroblasts. Collectively, these results identify initial strategies to stabilize class III viral fusion proteins and provide tools to probe gB-directed antibody responses.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:39231203 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.4 Å
構造データ

43667

8vym

EMDB-43667, PDB-8vym:
Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) in the postfusion conformation in complex with 1G2 and 7H3 Fabs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-43670: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) stabilized in a prefusion-like conformation in complex with 1G2 and 7H3, global refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-43671: Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) stabilized in a prefusion-like conformation in complex with 1G2 and 7H3, local refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

43672

8vyn

EMDB-43672, PDB-8vyn:
Soluble ectodomain of human cytomegalovirus (HCMV) glycoprotein B (gB) stabilized in a prefusion-like conformation in complex with 1G2 and 7H3, composite map (global and local) and model
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / orthoherpesvirus / betaherpesvirus / cytomegalovirus / human betaherpesvirus 5 / human cytomegalovirus / HCMV / glycoprotein B / gB / HCMV gB / VIRAL PROTEIN / 7H3 / 1G2 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / prefusion / prefusion-stabilized / disulfide / 7H2

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る