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Structure paper

タイトルTranslational initiation factor eIF5 replaces eIF1 on the 40S ribosomal subunit to promote start-codon recognition.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 7, Year 2018
掲載日2018年11月30日
著者Jose Luis Llácer / Tanweer Hussain / Adesh K Saini / Jagpreet Singh Nanda / Sukhvir Kaur / Yuliya Gordiyenko / Rakesh Kumar / Alan G Hinnebusch / Jon R Lorsch / V Ramakrishnan /
PubMed 要旨In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) ...In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) of eIF2 that additionally promotes stringent AUG selection, but the molecular basis of its dual function was unknown. We present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of a yeast 48S pre-initiation complex (PIC), at an overall resolution of 3.0 Å, featuring the N-terminal domain (NTD) of eIF5 bound to the 40S subunit at the location vacated by eIF1. eIF5 interacts with and allows a more accommodated orientation of Met-tRNA. Substitutions of eIF5 residues involved in the eIF5-NTD/tRNA interaction influenced initiation at near-cognate UUG codons and the closed/open PIC conformation in vitro, consistent with direct stabilization of the codon:anticodon duplex by the wild-type eIF5-NTD. The present structure reveals the basis for a key role of eIF5 in start-codon selection.
リンクElife / PubMed:30475211 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.02 - 3.53 Å
構造データ

4327

6fyx

EMDB-4327: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (Map C1)
PDB-6fyx: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

4328

6fyy

EMDB-4328: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (Map 1)
PDB-6fyy: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-4329:
Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (Map C2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-4330:
Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (Map A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

EMDB-4331:
Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (Map B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン

ChemComp-GCP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸 / GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • kluyveromyces lactis (strain atcc 8585 / cbs 2359 / dsm 70799 / nbrc 1267 / nrrl y-1140 / wm37) (酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • Kluyveromyces lactis (酵母)
キーワードRIBOSOME / translation / initiation factors / 40S / eIF1A / eIF3 / eIF2 / eIF5 / tRNAi / 48S PIC / small ribosome subunit

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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