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タイトルStructure of the PCNA unloader Elg1-RFC.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 9, Page eadl1739, Year 2024
掲載日2024年3月1日
著者Fengwei Zheng / Nina Y Yao / Roxana E Georgescu / Huilin Li / Michael E O'Donnell /
PubMed 要旨During DNA replication, the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamps are loaded onto primed sites for each Okazaki fragment synthesis by the AAA heteropentamer replication factor C (RFC). ...During DNA replication, the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamps are loaded onto primed sites for each Okazaki fragment synthesis by the AAA heteropentamer replication factor C (RFC). PCNA encircling duplex DNA is quite stable and is removed from DNA by the dedicated clamp unloader Elg1-RFC. Here, we show the cryo-EM structure of Elg1-RFC in various states with PCNA. The structures reveal essential features of Elg1-RFC that explain how it is dedicated to PCNA unloading. Specifically, Elg1 contains two external loops that block opening of the Elg1-RFC complex for DNA binding, and an "Elg1 plug" domain that fills the central DNA binding chamber, thereby reinforcing the exclusive PCNA unloading activity of Elg1-RFC. Elg1-RFC was capable of unloading PCNA using non-hydrolyzable AMP-PNP. Both RFC and Elg1-RFC could remove PCNA from covalently closed circular DNA, indicating that PCNA unloading occurs by a mechanism that is distinct from PCNA loading. Implications for the PCNA unloading mechanism are discussed.
リンクSci Adv / PubMed:38427736 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.67 Å
構造データ

41252

8thb

EMDB-41252: Cryo-EM map of the Saccharomyces cerevisiae PCNA clamp unloader Elg1-RFC complex
PDB-8thb: Structure of the Saccharomyces cerevisiae PCNA clamp unloader Elg1-RFC complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

41253

8thc

EMDB-41253: Cryo-EM map of the Saccharomyces cerevisiae clamp unloader Elg1-RFC bound to a cracked PCNA
PDB-8thc: Structure of the Saccharomyces cerevisiae clamp unloader Elg1-RFC bound to a cracked PCNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.67 Å

41254

8thd

EMDB-41254: Cryo-EM map of the Saccharomyces cerevisiae clamp unloader Elg1-RFC bound to PCNA
PDB-8thd: Structure of the Saccharomyces cerevisiae clamp unloader Elg1-RFC bound to PCNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

化合物

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードREPLICATION / DNA replication / DNA sliding clamp / PCNA clamp / clamp unloader / Elg1-RFC unloader / clamp loader/unloader

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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