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タイトルStructural dynamics at cytosolic interprotomer interfaces control gating of a mammalian TRPM5 channel.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 121, Issue 27, Page e2403333121, Year 2024
掲載日2024年7月2日
著者Sebastian Karuppan / Lynn Goss Schrag / Caroline M Pastrano / Andrés Jara-Oseguera / Lejla Zubcevic /
PubMed 要旨The transient receptor potential melastatin (TRPM) tetrameric cation channels are involved in a wide range of biological functions, from temperature sensing and taste transduction to regulation of ...The transient receptor potential melastatin (TRPM) tetrameric cation channels are involved in a wide range of biological functions, from temperature sensing and taste transduction to regulation of cardiac function, inflammatory pain, and insulin secretion. The structurally conserved TRPM cytoplasmic domains make up >70 % of the total protein. To investigate the mechanism by which the TRPM cytoplasmic domains contribute to gating, we employed electrophysiology and cryo-EM to study TRPM5-a channel that primarily relies on activation via intracellular Ca. Here, we show that activation of mammalian TRPM5 channels is strongly altered by Ca-dependent desensitization. Structures of rat TRPM5 identify a series of conformational transitions triggered by Ca binding, whereby formation and dissolution of cytoplasmic interprotomer interfaces appear to control activation and desensitization of the channel. This study shows the importance of the cytoplasmic assembly in TRPM5 channel function and sets the stage for future investigations of other members of the TRPM family.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:38923985
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 5.0 Å
構造データ

EMDB-40574, PDB-8sl6:
Cryo-EM structure of the rat TRPM5 channel in EGTA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-40575, PDB-8sl8:
Cryo-EM structure of the rat TRPM5 channel in trace calcium, trace-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-40576, PDB-8sla:
Cryo-EM structure of the rat TRPM5 channel in trace calcium, trace-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-40577, PDB-8sle:
Cryo-EM structure of the rat TRPM5 channel in trace calcium, trace-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-40578, PDB-8sli:
Cryo-EM structure of the rat TRPM5 channel in 2mM calcium, high-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-40579, PDB-8slp:
Cryo-EM structure of the rat TRPM5 channel in 2mM calcium, high-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-40580, PDB-8slq:
Cryo-EM structure of the rat TRPM5 channel in 2mM calcium, high-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-40581, PDB-8slw:
Cryo-EM structure of the rat TRPM5 channel in 2mM calcium, high-4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-40592: Focused map of the cytoplasmic domains of rat TRPM5, conformation high-4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-40593: Focused map of the cytoplasmic domains of rat TRPM5, conformation high-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-40595: Focused map of the cytoplasmic domains of rat TRPM5, conformation high-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-40596: Focused map of the cytoplasmic domains of rat TRPM5, conformation high-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-40597: Focused map of the cytoplasmic domains of rat TRPM5, conformation trace-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-40599: Focused map of the cytoplasmic domains of rat TRPM5, conformation trace-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-40600: Focused map of the cytoplasmic domains of rat TRPM5, conformation trace-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / Transient Receptor Potential / TRP / Transient Receptor Potential Melastatin 5 / TRPM5 / TRANSPORT PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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