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タイトルCapturing heterogeneous conformers of cobalamin riboswitch by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 51, Issue 18, Page 9952-9960, Year 2023
掲載日2023年10月13日
著者Jienyu Ding / Justin C Deme / Jason R Stagno / Ping Yu / Susan M Lea / Yun-Xing Wang /
PubMed 要旨RNA conformational heterogeneity often hampers its high-resolution structure determination, especially for large and flexible RNAs devoid of stabilizing proteins or ligands. The adenosylcobalamin ...RNA conformational heterogeneity often hampers its high-resolution structure determination, especially for large and flexible RNAs devoid of stabilizing proteins or ligands. The adenosylcobalamin riboswitch exhibits heterogeneous conformations under 1 mM Mg2+ concentration and ligand binding reduces conformational flexibility. Among all conformers, we determined one apo (5.3 Å) and four holo cryo-electron microscopy structures (overall 3.0-3.5 Å, binding pocket 2.9-3.2 Å). The holo dimers exhibit global motions of helical twisting and bending around the dimer interface. A backbone comparison of the apo and holo states reveals a large structural difference in the P6 extension position. The central strand of the binding pocket, junction 6/3, changes from an 'S'- to a 'U'-shaped conformation to accommodate ligand. Furthermore, the binding pocket can partially form under 1 mM Mg2+ and fully form under 10 mM Mg2+ within the bound-like structure in the absence of ligand. Our results not only demonstrate the stabilizing ligand-induced conformational changes in and around the binding pocket but may also provide further insight into the role of the P6 extension in ligand binding and selectivity.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:37534568 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 5.3 Å
構造データ

40262

8sa2

EMDB-40262, PDB-8sa2:
Adenosylcobalamin-bound riboswitch dimer, form 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

40263

8sa3

EMDB-40263, PDB-8sa3:
Adenosylcobalamin-bound riboswitch dimer, form 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

40264

8sa4

EMDB-40264, PDB-8sa4:
Adenosylcobalamin-bound riboswitch dimer, form 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

40265

8sa5

EMDB-40265, PDB-8sa5:
Adenosylcobalamin-bound riboswitch dimer, form 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

40266

8sa6

EMDB-40266, PDB-8sa6:
apo form of adenosylcobalamin riboswitch dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

化合物

ChemComp-B1Z:
Adenosylcobalamin / 薬剤*YM

由来
  • caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
キーワードRNA / RNA cobalamin riboswitch

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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