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Structure paper

タイトルMolecular mechanism of IgE-mediated FcεRI activation.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2024
掲載日2024年10月23日
著者Mengying Chen / Qiang Su / Yigong Shi /
PubMed 要旨Allergic diseases, affecting over a quarter of individuals in industrialized countries, have become significant public health concerns. The high-affinity Fc receptor for IgE (FcεRI), mainly present ...Allergic diseases, affecting over a quarter of individuals in industrialized countries, have become significant public health concerns. The high-affinity Fc receptor for IgE (FcεRI), mainly present on mast cells and basophils, plays a crucial role in allergic diseases. Monomeric IgE binding to FcεRI regulates mast cell survival, differentiation, and maturation. However, the underlying molecular mechanism remains unclear. Here we demonstrate that, prior to IgE binding, FcεRI mostly exists as a homo-dimer on human mast cell membrane. The structure of human FcεRI confirms the dimeric organization, with each promoter comprising one α subunit, one β subunit, and two γ subunits. The transmembrane helices of the α subunits form a layered arrangement with those of the γ and β subunits. The dimeric interface is mediated by a four-helix bundle of the α and γ subunits at the intracellular juxtamembrane region. Cholesterol-like molecules embedded within the transmembrane domain may stabilize the dimeric assembly. Upon IgE binding, the dimeric FcεRI dissociates into two protomers, each binding to an IgE molecule. Importantly, this process elicits transcriptional activation of Egr1/3 and Ccl2 in rat basophils, which can be attenuated by inhibiting the FcεRI dimer-to-monomer transition. Collectively, our study unveils the mechanism of antigen-independent, IgE-mediated FcεRI activation.
リンクNature / PubMed:39442557
手法EM (単粒子)
解像度3.14 - 3.9 Å
構造データ

39614

8yvu

EMDB-39614, PDB-8yvu:
structure of Ige receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

39627

8ywa

EMDB-39627, PDB-8ywa:
The structure of IgE receptor binding to IgE
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / immunology / Ige receptor / allergy / MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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