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万見
- PDB-8ywa: The structure of IgE receptor binding to IgE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ywa
タイトルThe structure of IgE receptor binding to IgE
要素
  • (High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit ...) x 3
  • (Immunoglobulin ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / immunology / Ige receptor / allergy / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / T cell differentiation involved in immune response / high-affinity IgE receptor activity / type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor III complex / eosinophil degranulation / neutrophil activation involved in immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway ...IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / T cell differentiation involved in immune response / high-affinity IgE receptor activity / type I hypersensitivity / Fc-gamma receptor III complex / eosinophil degranulation / neutrophil activation involved in immune response / Fc-gamma receptor signaling pathway / regulation of platelet activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE binding / interleukin-3-mediated signaling pathway / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / type 2 immune response / IgG binding / mast cell degranulation / Dectin-2 family / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Fc-epsilon receptor signaling pathway / tertiary granule membrane / immunoglobulin mediated immune response / ficolin-1-rich granule membrane / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of phagocytosis / neutrophil chemotaxis / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / receptor internalization / FCERI mediated NF-kB activation / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / immune response / external side of plasma membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / CD20-like family / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / : / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. ...High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / CD20-like family / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / : / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha / High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Chen, M.Y. / Su, Q. / Shi, Y.G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanism of IgE-mediated FcεRI activation.
著者: Mengying Chen / Qiang Su / Yigong Shi /
要旨: Allergic diseases affect more than a quarter of individuals in industrialized countries, and are a major public health concern. The high-affinity Fc receptor for immunoglobulin E (FcεRI), which is ...Allergic diseases affect more than a quarter of individuals in industrialized countries, and are a major public health concern. The high-affinity Fc receptor for immunoglobulin E (FcεRI), which is mainly present on mast cells and basophils, has a crucial role in allergic diseases. Monomeric immunoglobulin E (IgE) binding to FcεRI regulates mast cell survival, differentiation and maturation. However, the underlying molecular mechanism remains unclear. Here we demonstrate that prior to IgE binding, FcεRI exists mostly as a homodimer on human mast cell membranes. The structure of human FcεRI confirms the dimeric organization, with each promoter comprising one α subunit, one β subunit and two γ subunits. The transmembrane helices of the α subunits form a layered arrangement with those of the γ and β subunits. The dimeric interface is mediated by a four-helix bundle of the α and γ subunits at the intracellular juxtamembrane region. Cholesterol-like molecules embedded within the transmembrane domain may stabilize the dimeric assembly. Upon IgE binding, the dimeric FcεRI dissociates into two protomers, each of which binds to an IgE molecule. This process elicits transcriptional activation of Egr1, Egr3 and Ccl2 in rat basophils, which can be attenuated by inhibiting the FcεRI dimer-to-monomer transition. Collectively, our study reveals the mechanism of antigen-independent, IgE-mediated FcεRI activation.
履歴
登録2024年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年11月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.32025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Immunoglobulin heavy constant epsilon
X: Immunoglobulin heavy constant epsilon
h: Immunoglobulin kappa constant
x: Immunoglobulin kappa constant
A: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
B: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
D: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
C: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,45917
ポリマ－262,4688
非ポリマー1,9919
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit ... , 3種, 4分子 ABDC

#3: タンパク質 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha / Fc-epsilon RI-alpha / FcERI / IgE Fc receptor subunit alpha


分子量: 30892.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCER1A, FCE1A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12319
#4: タンパク質 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta / FcERI / Fc epsilon receptor I beta-chain / IgE Fc receptor subunit beta / Membrane-spanning 4- ...FcERI / Fc epsilon receptor I beta-chain / IgE Fc receptor subunit beta / Membrane-spanning 4-domains subfamily A member 2


分子量: 30289.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MS4A2, APY, FCER1B, IGER / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01362
#5: タンパク質 High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / Fc receptor gamma-chain / FcRgamma / Fc-epsilon RI-gamma / IgE Fc receptor subunit gamma / FceRI gamma


分子量: 9676.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCER1G / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30273

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抗体 , 2種, 4分子 HXhx

#1: 抗体 Immunoglobulin heavy constant epsilon


分子量: 63525.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Immunoglobulin kappa constant


分子量: 27441.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 1種, 9分子

#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The structure of IgE receptor binding to IgE / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #3-#5, #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 920752 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00410029
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.48813763
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.9811601
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431678
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041838

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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