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万見
- EMDB-39627: The structure of IgE receptor binding to IgE -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39627
タイトルThe structure of IgE receptor binding to IgE
マップデータ
試料
  • 複合体: The structure of IgE receptor binding to IgE
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin heavy constant epsilon
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin kappa constant
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードimmunology / Ige receptor / allergy / MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / T cell differentiation involved in immune response / high-affinity IgE receptor activity / negative regulation of mast cell apoptotic process / type I hypersensitivity / mast cell apoptotic process / Fc-gamma receptor III complex / eosinophil degranulation ...IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / T cell differentiation involved in immune response / high-affinity IgE receptor activity / negative regulation of mast cell apoptotic process / type I hypersensitivity / mast cell apoptotic process / Fc-gamma receptor III complex / eosinophil degranulation / serotonin secretion by platelet / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell degranulation / positive regulation of mast cell cytokine production / positive regulation of type III hypersensitivity / Fc-gamma receptor signaling pathway / regulation of platelet activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of type IIa hypersensitivity / IgE binding / positive regulation of type I hypersensitivity / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell surface / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / type 2 immune response / IgG binding / phagocytosis, engulfment / mast cell degranulation / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-4 production / immunoglobulin mediated immune response / tertiary granule membrane / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / ficolin-1-rich granule membrane / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / GPVI-mediated activation cascade / neutrophil chemotaxis / FCERI mediated Ca+2 mobilization / osteoclast differentiation / positive regulation of phagocytosis / Cell surface interactions at the vascular wall / integrin-mediated signaling pathway / protein localization to plasma membrane / FCERI mediated MAPK activation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / receptor internalization / positive regulation of interleukin-6 production / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / immune response / innate immune response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / CD20-like family / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / : / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. ...High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / Membrane-spanning 4-domains subfamily A / CD20-like family / CD20-like family / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / : / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha / High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma / High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Chen MY / Su Q / Shi YG
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanism of IgE-mediated FcεRI activation.
著者: Mengying Chen / Qiang Su / Yigong Shi /
要旨: Allergic diseases affect more than a quarter of individuals in industrialized countries, and are a major public health concern. The high-affinity Fc receptor for immunoglobulin E (FcεRI), which is ...Allergic diseases affect more than a quarter of individuals in industrialized countries, and are a major public health concern. The high-affinity Fc receptor for immunoglobulin E (FcεRI), which is mainly present on mast cells and basophils, has a crucial role in allergic diseases. Monomeric immunoglobulin E (IgE) binding to FcεRI regulates mast cell survival, differentiation and maturation. However, the underlying molecular mechanism remains unclear. Here we demonstrate that prior to IgE binding, FcεRI exists mostly as a homodimer on human mast cell membranes. The structure of human FcεRI confirms the dimeric organization, with each promoter comprising one α subunit, one β subunit and two γ subunits. The transmembrane helices of the α subunits form a layered arrangement with those of the γ and β subunits. The dimeric interface is mediated by a four-helix bundle of the α and γ subunits at the intracellular juxtamembrane region. Cholesterol-like molecules embedded within the transmembrane domain may stabilize the dimeric assembly. Upon IgE binding, the dimeric FcεRI dissociates into two protomers, each of which binds to an IgE molecule. This process elicits transcriptional activation of Egr1, Egr3 and Ccl2 in rat basophils, which can be attenuated by inhibiting the FcεRI dimer-to-monomer transition. Collectively, our study reveals the mechanism of antigen-independent, IgE-mediated FcεRI activation.
履歴
登録2024年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39627.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39627.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 260.88 Å		1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 260.88 Å		1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 260.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.42
最小 - 最大-4.2344966 - 7.114267
平均 (標準偏差)0.0045281267 (±0.103603624)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 260.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39627_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39627_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The structure of IgE receptor binding to IgE

全体名称: The structure of IgE receptor binding to IgE
要素
  • 複合体: The structure of IgE receptor binding to IgE
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin heavy constant epsilon
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin kappa constant
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: The structure of IgE receptor binding to IgE

超分子名称: The structure of IgE receptor binding to IgE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#5, #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Immunoglobulin heavy constant epsilon

分子名称: Immunoglobulin heavy constant epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.525254 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEFGLSWLFL VAILKGVQCQ VQLVQSGAEV RNPGASVKVS CKASGYTFTS YAIHWVRQAP GHRLEWVGRI NTDNGNTKYS QKFHGRVAL SRDTSASTTY MDLSSLNSED TAVYYCARAF YYSSGVMFDS WGQGALVTVS SASTQSPSVF PLTRCCKNIP S NATSVTLG ...文字列:
MEFGLSWLFL VAILKGVQCQ VQLVQSGAEV RNPGASVKVS CKASGYTFTS YAIHWVRQAP GHRLEWVGRI NTDNGNTKYS QKFHGRVAL SRDTSASTTY MDLSSLNSED TAVYYCARAF YYSSGVMFDS WGQGALVTVS SASTQSPSVF PLTRCCKNIP S NATSVTLG CLATGYFPEP VMVTWDTGSL NGTTMTLPAT TLTLSGHYAT ISLLTVSGAW AKQMFTCRVA HTPSSTDWVD NK TFSVCSR DFTPPTVKIL QSSCDGGGHF PPTIQLLCLV SGYTPGTINI TWLEDGQVMD VDLSTASTTQ EGELASTQSE LTL SQKHWL SDRTYTCQVT YQGHTFEDST KKCADSNPRG VSAYLSRPSP FDLFIRKSPT ITCLVVDLAP SKGTVNLTWS RASG KPVNH STRKEEKQRN GTLTVTSTLP VGTRDWIEGE TYQCRVTHPH LPRALMRSTT KTSGPRAAPE VYAFATPEWP GSRDK RTLA CLIQNFMPED ISVQWLHNEV QLPDARHSTT QPRKTKGSGF FVFSRLEVTR AEWEQKDEFI CRAVHEAASP SQTVQR AVS VNPGKGGSHH HHHH

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分子 #2: Immunoglobulin kappa constant

分子名称: Immunoglobulin kappa constant / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.441352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCGGSMDYKD DDDKGSPGDE VDAGQSALTQ PPSVSGAPGQ RVSISCTGGS SNFGAGYDVH WYQQLPATA PKLLIYGNNN RPSGVPDRFS GSKSGTSASL AITGLQAEDE GDYFCQSFDT SLSGWIFGGG TKLTVLGQPK A APSVTLFP ...文字列:
MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCGGSMDYKD DDDKGSPGDE VDAGQSALTQ PPSVSGAPGQ RVSISCTGGS SNFGAGYDVH WYQQLPATA PKLLIYGNNN RPSGVPDRFS GSKSGTSASL AITGLQAEDE GDYFCQSFDT SLSGWIFGGG TKLTVLGQPK A APSVTLFP PSSEELQANK ATLVCLISDF YPGAVTVAWK ADSSPVKAGV ETTTPSKQSN NKYAASSYLS LTPEQWKSHR SY SCQVTHE GSTVEKTVAP TECS

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分子 #3: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha

分子名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.892074 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCVPQKPKVS LNPPWNRIFK GENVTLTCNG NNFFEVSSTK WFHNGSLSEE TNSSLNIVNA KFEDSGEYK CQHQQVNESE PVYLEVFSDW LLLQASAEVV MEGQPLFLRC HGWRNWDVYK VIYYKDGEAL KYWYENHNIS I TNATVEDS ...文字列:
MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCVPQKPKVS LNPPWNRIFK GENVTLTCNG NNFFEVSSTK WFHNGSLSEE TNSSLNIVNA KFEDSGEYK CQHQQVNESE PVYLEVFSDW LLLQASAEVV MEGQPLFLRC HGWRNWDVYK VIYYKDGEAL KYWYENHNIS I TNATVEDS GTYYCTGKVW QLDYESEPLN ITVIKAPREK YWLQFFIPLL VVILFAVDTG LFISTQQQVT FLLKIKRTRK GF RLLNPHP KPNPKNNGGG SMDYKDDDDK

UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha

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分子 #4: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta

分子名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.289541 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGASSAWSHP QFEKGGGSGG GSGGSAWSHP QFEKGSAAAM DTESNRRANL ALPQEPSSVP AFEVLEISPQ EVSSGRLLKS ASSPPLHTW LTVLKKEQEF LGVTQILTAM ICLCFGTVVC SVLDISHIEG DIFSSFKAGY PFWGAIFFSI SGMLSIISER R NATYLVRG ...文字列:
MGASSAWSHP QFEKGGGSGG GSGGSAWSHP QFEKGSAAAM DTESNRRANL ALPQEPSSVP AFEVLEISPQ EVSSGRLLKS ASSPPLHTW LTVLKKEQEF LGVTQILTAM ICLCFGTVVC SVLDISHIEG DIFSSFKAGY PFWGAIFFSI SGMLSIISER R NATYLVRG SLGANTASSI AGGTGITILI INLKKSLAYI HIHSCQKFFE TKCFMASFST EIVVMMLFLT ILGLGSAVSL TI CGAGEEL KGNKVPEDRV YEELNIYSAT YSELEDPGEM SPPIDL

UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta

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分子 #5: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma

分子名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.676426 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MIPAVVLLLL LLVEQAAALG EPQLCYILDA ILFLYGIVLT LLYCRLKIQV RKAAITSYEK SDGVYTGLST RNQETYETLK HEKPPQ

UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 920752
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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