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タイトルArchitectures of photosynthetic RC-LH1 supercomplexes from .
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 41, Page eadp6678, Year 2024
掲載日2024年10月11日
著者Peng Wang / Bern M Christianson / Deniz Ugurlar / Ruichao Mao / Yi Zhang / Ze-Kun Liu / Ying-Yue Zhang / Adrian M Gardner / Jun Gao / Yu-Zhong Zhang / Lu-Ning Liu /
PubMed 要旨The reaction center-light-harvesting complex 1 (RC-LH1) plays an essential role in the primary reactions of bacterial photosynthesis. Here, we present high-resolution structures of native monomeric ...The reaction center-light-harvesting complex 1 (RC-LH1) plays an essential role in the primary reactions of bacterial photosynthesis. Here, we present high-resolution structures of native monomeric and dimeric RC-LH1 supercomplexes from () using cryo-electron microscopy. The RC-LH1 monomer is composed of an RC encircled by an open LH1 ring comprising 15 αβ heterodimers and a PufX transmembrane polypeptide. In the RC-LH1 dimer, two crossing PufX polypeptides mediate dimerization. Unlike counterpart, RC-LH1 dimer has a less bent conformation, lacks the PufY subunit near the LH1 opening, and includes two extra LH1 αβ subunits, forming a more enclosed S-shaped LH1 ring. Spectroscopic assays reveal that these unique structural features are accompanied by changes in the kinetics of quinone/quinol trafficking between RC-LH1 and cytochrome . Our findings reveal the assembly principles and structural variability of photosynthetic RC-LH1 supercomplexes, highlighting diverse strategies used by phototrophic bacteria to optimize light-harvesting and electron transfer in competitive environments.
リンクSci Adv / PubMed:39383221 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 2.84 Å
構造データ

39244

8ygd

EMDB-39244, PDB-8ygd:
Rhodobacter blasticus RC-LH1 dimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

39255

8ygl

EMDB-39255, PDB-8ygl:
Rhodobacter blasticus RC-LH1 monomer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

化合物

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

ChemComp-SPO:
SPHEROIDENE

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10

ChemComp-FE2:
Unknown entry

由来
  • fuscovulum blasticum dsm 2131 (バクテリア)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / light-harvesting complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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