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- PDB-8ygl: Rhodobacter blasticus RC-LH1 monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ygl
タイトルRhodobacter blasticus RC-LH1 monomer
要素
  • (Antenna pigment protein ...) x 2
  • (Reaction center protein ...) x 2
  • 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
  • Photosynthetic reaction center subunit H
キーワードPHOTOSYNTHESIS / light-harvesting complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex ...Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / Photosynthetic reaction centre, M subunit / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center subunit H / Reaction center protein M chain ...BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / SPHEROIDENE / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center subunit H / Reaction center protein M chain / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / Antenna pigment protein alpha chain / Antenna pigment protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, L.N. / Zhang, Y.Z. / Wang, P. / Christianson, B.M. / Ugurlar, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32170127 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Architectures of photosynthetic RC-LH1 supercomplexes from .
著者: Peng Wang / Bern M Christianson / Deniz Ugurlar / Ruichao Mao / Yi Zhang / Ze-Kun Liu / Ying-Yue Zhang / Adrian M Gardner / Jun Gao / Yu-Zhong Zhang / Lu-Ning Liu /
要旨: The reaction center-light-harvesting complex 1 (RC-LH1) plays an essential role in the primary reactions of bacterial photosynthesis. Here, we present high-resolution structures of native monomeric ...The reaction center-light-harvesting complex 1 (RC-LH1) plays an essential role in the primary reactions of bacterial photosynthesis. Here, we present high-resolution structures of native monomeric and dimeric RC-LH1 supercomplexes from () using cryo-electron microscopy. The RC-LH1 monomer is composed of an RC encircled by an open LH1 ring comprising 15 αβ heterodimers and a PufX transmembrane polypeptide. In the RC-LH1 dimer, two crossing PufX polypeptides mediate dimerization. Unlike counterpart, RC-LH1 dimer has a less bent conformation, lacks the PufY subunit near the LH1 opening, and includes two extra LH1 αβ subunits, forming a more enclosed S-shaped LH1 ring. Spectroscopic assays reveal that these unique structural features are accompanied by changes in the kinetics of quinone/quinol trafficking between RC-LH1 and cytochrome . Our findings reveal the assembly principles and structural variability of photosynthetic RC-LH1 supercomplexes, highlighting diverse strategies used by phototrophic bacteria to optimize light-harvesting and electron transfer in competitive environments.
履歴
登録2024年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Antenna pigment protein beta chain
1: Antenna pigment protein alpha chain
2: Antenna pigment protein beta chain
3: Antenna pigment protein alpha chain
7: Antenna pigment protein alpha chain
8: Antenna pigment protein beta chain
9: Antenna pigment protein alpha chain
A: Antenna pigment protein alpha chain
B: Antenna pigment protein beta chain
C: Antenna pigment protein beta chain
D: Antenna pigment protein alpha chain
E: Antenna pigment protein beta chain
F: Antenna pigment protein alpha chain
G: Antenna pigment protein beta chain
H: Photosynthetic reaction center subunit H
I: Antenna pigment protein alpha chain
J: Antenna pigment protein beta chain
K: Antenna pigment protein alpha chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
N: Antenna pigment protein beta chain
O: Antenna pigment protein alpha chain
P: Antenna pigment protein beta chain
Q: Antenna pigment protein alpha chain
R: Antenna pigment protein beta chain
S: Antenna pigment protein alpha chain
T: Antenna pigment protein beta chain
U: Antenna pigment protein alpha chain
V: Antenna pigment protein beta chain
W: Antenna pigment protein alpha chain
X: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
Z: Antenna pigment protein beta chain
a: Antenna pigment protein alpha chain
b: Antenna pigment protein beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,518121
ポリマ－293,06634
非ポリマー68,45187
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Antenna pigment protein ... , 2種, 30分子 028BCEGJNPRTVZb1379ADFIKOQSUWa

#1: タンパク質・ペプチド
Antenna pigment protein beta chain / LH1 beta chain


分子量: 5614.452 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4JAH7
#2: タンパク質
Antenna pigment protein alpha chain / LH1 alpha chain


分子量: 7096.406 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4JA00

-
タンパク質 , 2種, 2分子 HX

#3: タンパク質 Photosynthetic reaction center subunit H


分子量: 28320.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4J4Z7
#6: タンパク質 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / Intrinsic membrane protein PufX


分子量: 8046.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4J9W4

-
Reaction center protein ... , 2種, 2分子 LM

#4: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31494.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2L1K3X9
#5: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 34542.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2T4J9V9

-
非ポリマー , 7種, 87分子

#7: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#8: 化合物...
ChemComp-SPO / SPHEROIDENE / (13Z)-3,4-ジデヒドロ-1,2,7′,8′-テトラヒドロ-1-メトキシ-ψ,ψ-カロテン


分子量: 568.914 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H60O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#10: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#11: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / (7R,8R)-31-オキソ-7β,8α-ジヒドロ-132α-(メトキシカ(以下略)


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物
ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rhodobacter blasticus RC-LH1 monomer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Fuscovulum blasticum DSM 2131 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45399 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00643873
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65377720
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.46919047
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412906
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0097283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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