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タイトルVisualization of chemical modifications in the human 80S ribosome structure.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 551, Issue 7681, Page 472-477, Year 2017
掲載日2017年11月23日
著者S Kundhavai Natchiar / Alexander G Myasnikov / Hanna Kratzat / Isabelle Hazemann / Bruno P Klaholz /
PubMed 要旨Chemical modifications of human ribosomal RNA (rRNA) are introduced during biogenesis and have been implicated in the dysregulation of protein synthesis, as is found in cancer and other diseases. ...Chemical modifications of human ribosomal RNA (rRNA) are introduced during biogenesis and have been implicated in the dysregulation of protein synthesis, as is found in cancer and other diseases. However, their role in this phenomenon is unknown. Here we visualize more than 130 individual rRNA modifications in the three-dimensional structure of the human ribosome, explaining their structural and functional roles. In addition to a small number of universally conserved sites, we identify many eukaryote- or human-specific modifications and unique sites that form an extended shell in comparison to bacterial ribosomes, and which stabilize the RNA. Several of the modifications are associated with the binding sites of three ribosome-targeting antibiotics, or are associated with degenerate states in cancer, such as keto alkylations on nucleotide bases reminiscent of specialized ribosomes. This high-resolution structure of the human 80S ribosome paves the way towards understanding the role of epigenetic rRNA modifications in human diseases and suggests new possibilities for designing selective inhibitors and therapeutic drugs.
リンクNature / PubMed:29143818
手法EM (単粒子)
解像度2.9 Å
構造データ

3883

6qzp

EMDB-3883: High-resolution cryo-EM structure of the human 80S ribosome - (composite structure)
PDB-6qzp: High-resolution cryo-EM structure of the human 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-4243:
High-resolution cryo-EM structure of the human 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-4244:
High-resolution cryo-EM structure of the human 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-4245:
High-resolution cryo-EM structure of the human 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-4263:
High-resolution cryo-EM structure of the human 80S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HMT:
(3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine / ホモハリングトニン / 抗がん剤, alkaloid*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HYG:
HYGROMYCIN B / 抗生剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
キーワードRIBOSOME / Human 80S ribosome / rRNA / rRNA modifications / High-resolution cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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