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Structure paper

タイトルStructural basis for the distinct core-antenna assembly of cryptophyte photosystem II.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 6812, Year 2024
掲載日2024年8月9日
著者Long Si / Shumeng Zhang / Xiaodong Su / Mei Li /
PubMed 要旨Photosystem II (PSII) catalyzes the light-driven charge separation and water oxidation reactions of photosynthesis. Eukaryotic PSII core is usually associated with membrane-embedded light-harvesting ...Photosystem II (PSII) catalyzes the light-driven charge separation and water oxidation reactions of photosynthesis. Eukaryotic PSII core is usually associated with membrane-embedded light-harvesting antennae, which greatly increase the absorbance cross-section of the core. The peripheral antennae in different phototrophs vary considerably in protein composition and arrangement. Photosynthetic cryptophytes possess chlorophyll a/c binding proteins (CACs) that serve as their antennae. How these CACs assemble with the PSII core remains unclear. Here, we report the 2.57-Å resolution structure of cryptophyte PSII-CAC purified from cells at nitrogen-limited stationary growth phase. We show that each monomer of the PSII homodimer contains a core complex, six chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and a previously unseen chlorophyll-binding protein (termed CAL-II). Six CACs are arranged as a double-layered arc-shaped non-parallel belt, and two such belts attach to the dimeric core from opposite sides. The CAL-II simultaneously interacts with a number of core subunits and five CACs. The distinct organization of CACs and the presence of CAL-II may play a critical role in stabilizing the dimeric PSII-CAC complex under stress conditions. Our study provides mechanistic insights into the assembly and function of the PSII-CAC complex as well as the possible adaptation of cryptophytes in response to environmental stresses.
リンクNat Commun / PubMed:39122741 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.57 - 2.9 Å
構造データ

38455

8xlp

EMDB-38455, PDB-8xlp:
Structure of inactive Photosystem II associated with CAC antenna from Rhodomonas Salina
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

EMDB-38912: Overall map of PSII-CAC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

EMDB-38913: Focus refinement map of PSII-CAC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-FE2:
Unknown entry

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


化合物 画像なし

ChemComp-WVN:
Unknown entry

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

ChemComp-II0:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / アロキサンチン

ChemComp-IHT:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • rhodomonas salina (真核生物)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem II associated with CAC antenna from Rhodomonas Salina

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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