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Structure paper

タイトルFilament structures unveil the dynamic organization of human acetyl-CoA carboxylase.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 41, Page eado4880, Year 2024
掲載日2024年10月11日
著者Fayang Zhou / Yuanyuan Zhang / Yuyao Zhu / Qiang Zhou / Yigong Shi / Qi Hu /
PubMed 要旨Human acetyl-coenzyme A (CoA) carboxylases (ACCs) catalyze the carboxylation of acetyl-CoA, which is the rate-limiting step in fatty acid synthesis. The molecular mechanism underlying the dynamic ...Human acetyl-coenzyme A (CoA) carboxylases (ACCs) catalyze the carboxylation of acetyl-CoA, which is the rate-limiting step in fatty acid synthesis. The molecular mechanism underlying the dynamic organization of ACCs is largely unknown. Here, we determined the cryo-electron microscopy (EM) structure of human ACC1 in its inactive state, which forms a unique filament structure and is in complex with acetyl-CoA. We also determined the cryo-EM structure of human ACC1 activated by dephosphorylation and citrate treatment, at a resolution of 2.55 Å. Notably, the covalently linked biotin binds to a site that is distant from the acetyl-CoA binding site when acetyl-CoA is absent, suggesting a potential coordination between biotin binding and acetyl-CoA binding. These findings provide insights into the structural dynamics and regulatory mechanisms of human ACCs.
リンクSci Adv / PubMed:39383219 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.55 - 4.14 Å
構造データ

38432

8xkz

EMDB-38432, PDB-8xkz:
Core region of the citrate-induced human acetyl-CoA carboxylase 1 filament (ACC1-citrate)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.55 Å

38433

8xl0

EMDB-38433, PDB-8xl0:
Citrate-induced filament of human acetyl-coenzyme A carboxylase 1 (ACC1-citrate)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.14 Å

38434

8xl1

EMDB-38434, PDB-8xl1:
Core region of the human acetyl-CoA carboxylase 1 filament in complex with acetyl-CoA (ACC1-inact)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.57 Å

38435

8xl2

EMDB-38435, PDB-8xl2:
Human acetyl-CoA carboxylase 1 filament in complex with acetyl-CoA (ACC1-inact)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

化合物

ChemComp-BTN:
BIOTIN

ChemComp-ACO:
ACETYL COENZYME *A

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIGASE / Biotin-dependent carboxylase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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