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タイトルThe receptor VLDLR binds Eastern Equine Encephalitis virus through multiple distinct modes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 6866, Year 2024
掲載日2024年8月10日
著者Duanfang Cao / Bingting Ma / Ziyi Cao / Xiaoyu Xu / Xinzheng Zhang / Ye Xiang /
PubMed 要旨Eastern Equine Encephalitis virus (EEEV) is an alphavirus that can cause severe diseases in infected humans. The very low-density lipoprotein receptor (VLDLR) was recently identified as a receptor of ...Eastern Equine Encephalitis virus (EEEV) is an alphavirus that can cause severe diseases in infected humans. The very low-density lipoprotein receptor (VLDLR) was recently identified as a receptor of EEEV. Herein, we performed cryo-electron microscopy structural and biochemistry studies on the specific interactions between EEEV and VLDLR. Our results show that VLDLR binds EEEV at three different sites A, B and C through its membrane-distal LDLR class A (LA) repeats. Site A is located in the cleft in between the E1-E2 heterodimers. Site B is located near the connecting β ribbon of E2 and is in proximity to site A, while site C is on the domain B of E2. The binding of VLDLR LAs to EEEV is in complex modes, including the LA1-2 and LA3-5 mediated two major modes. Disruption of the LA1-2 mediated binding significantly affect the cell attachment of EEEV. However, the mutation W132G of VLDLR impairs the binding of LA3, drives the switch of the binding modes, and significantly enhances the attachment of EEEV to the cell. The W132G variant of VLDLR could be identified in human genome and SNP sequences, implying that people with similar mutations in VLDLR may be highly susceptible to EEEV infection.
リンクNat Commun / PubMed:39127734 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 11.0 Å
構造データ

38370

8xi4

EMDB-38370, PDB-8xi4:
Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

38371

8xi5

EMDB-38371, PDB-8xi5:
Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA3-5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

38376

8ys2

EMDB-38376: Overall structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-2
PDB-8ys2: Overall structure of Eastern Equine Encephalitis virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.2 Å

38377

8ys4

EMDB-38377: Overall structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA3-5
PDB-8ys4: Overall structure of Eastern Equine Encephalitis virus VLP in complex with the receptor VLDLR LA3-5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-38378: Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-38379: Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP incubated with ApoER2 isoform2 LA1-3 (no receptor binding)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

EMDB-38380: Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-38381: Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA2-3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-38382: Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP in complex with the receptor VLDLR LA1-6-W132A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-38383: Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP PE6-K156A in complex with the receptor VLDLR LA1-8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.0 Å

EMDB-38384: Structure of Eastern Equine Encephalitis VLP PE6-K206E in complex with the receptor VLDLR LA1-8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN / East Equine Encephalitis virus / EEEV / receptor / complex / VLDLR / glycoprotein / VIRUS LIKE PARTICLE / Eastern Equine Encephalitis virus / alphavirus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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