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タイトルStructure of a transcribing RNA polymerase II-DSIF complex reveals a multidentate DNA-RNA clamp.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 24, Issue 10, Page 809-815, Year 2017
掲載日2017年9月11日
著者Carrie Bernecky / Jürgen M Plitzko / Patrick Cramer /
PubMed 要旨During transcription, RNA polymerase II (Pol II) associates with the conserved elongation factor DSIF. DSIF renders the elongation complex stable and functions during Pol II pausing and RNA ...During transcription, RNA polymerase II (Pol II) associates with the conserved elongation factor DSIF. DSIF renders the elongation complex stable and functions during Pol II pausing and RNA processing. We combined cryo-EM and X-ray crystallography to determine the structure of the mammalian Pol II-DSIF elongation complex at a nominal resolution of 3.4 Å. Human DSIF has a modular structure with two domains forming a DNA clamp, two domains forming an RNA clamp, and one domain buttressing the RNA clamp. The clamps maintain the transcription bubble, position upstream DNA, and retain the RNA transcript in the exit tunnel. The mobile C-terminal region of DSIF is located near exiting RNA, where it can recruit factors for RNA processing. The structure provides insight into the roles of DSIF during mRNA synthesis.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:28892040
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.098 - 3.8 Å
構造データ

EMDB-3815:
Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-3816:
Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex, DSIF-EC2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-3817: Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex, DSIF-EC3
PDB-5oik: Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-3818:
Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex, DSIF-EC4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-3819:
Structure of an RNA polymerase II-DSIF transcription elongation complex, DSIF-EC5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

PDB-5oho:
Crystal structure of the KOWx-KOW4 domain of human DSIF
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.601 Å

PDB-5ohq:
Crystal structure of the KOW6-KOW7 domain of human DSIF
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.098 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • bos taurus (ウシ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase II / transcription elongation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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