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タイトルCorrection of preferred orientation-induced distortion in cryo-electron microscopy maps.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 30, Page eadn0092, Year 2024
掲載日2024年7月26日
著者Dongjie Zhu / Weili Cao / Junxi Li / Chunling Wu / Duanfang Cao / Xinzheng Zhang /
PubMed 要旨Reconstruction maps of cryo-electron microscopy (cryo-EM) exhibit distortion when the cryo-EM dataset is incomplete, usually caused by unevenly distributed orientations. Prior efforts had been ...Reconstruction maps of cryo-electron microscopy (cryo-EM) exhibit distortion when the cryo-EM dataset is incomplete, usually caused by unevenly distributed orientations. Prior efforts had been attempted to address this preferred orientation problem using tilt-collection strategy and modifications to grids or to air-water interfaces. However, these approaches often require time-consuming experiments, and the effect was always protein dependent. Here, we developed a procedure containing removing misaligned particles and an iterative reconstruction method based on signal-to-noise ratio of Fourier component to correct this distortion by recovering missing data using a purely computational algorithm. This procedure called signal-to-noise ratio iterative reconstruction method (SIRM) was applied on incomplete datasets of various proteins to fix distortion in cryo-EM maps and to a more isotropic resolution. In addition, SIRM provides a better reference map for further reconstruction refinements, resulting in an improved alignment, which ultimately improves map quality and benefits model building.
リンクSci Adv / PubMed:39058771
手法EM (単粒子)
解像度3.16 - 3.8 Å
構造データ

EMDB-38080: SIRM reconstruction of the MC-45 de novo processed ribosome 50S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-38081: Conventional Reconstruction of the MC-45 de novo processed ribosome 50S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-38082: SIRM reconstruction of the unpublished protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-38083: The SIRM reconstruction of the MC-40 de novo processed HA-trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-38084: The conventional reconstruction of the MC-40 de novo processed HA-trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-38085: The SIRM reconstruction of the MC-45 de novo processed PS1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-38086: The conventional reconstruction of the MC-45 de novo processed PS1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-39299: Human resource SGLT1-MAP17 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
  • santria sp sf9 (ツマジロクサヨトウ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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