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Structure paper

タイトルStructural insights into the substrate transport mechanism of the amino acid transporter complex.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 301, Issue 9, Page 110569, Year 2025
掲載日2025年8月6日
著者Haonan Yang / Tianhao Shi / Jing Dong / Ting Zhang / Yaning Li / Yingying Guo / Yafei Yuan / Liuqing Yang / Jin-Tang Dong / Renhong Yan /
PubMed 要旨The -type amino acid transporter 1 (LAT1), in complex with its ancillary protein 4F2hc, mediates the sodium-independent antiport of large neutral amino acids across the plasma membrane. LAT1 ...The -type amino acid transporter 1 (LAT1), in complex with its ancillary protein 4F2hc, mediates the sodium-independent antiport of large neutral amino acids across the plasma membrane. LAT1 preferentially transports substrates, such as -leucine, -tyrosine, and -tryptophan, thyroid hormones, and drugs like 3,4-dihydroxyphenylalanine. Its pivotal role in cancer development and progression has established LAT1 as a promising therapeutic target. While prior studies have resolved the LAT1-4F2hc architecture and inhibitor interactions, the molecular basis of LAT1 substrate selectivity remains elusive. Here, we present the cryo-EM structures of LAT1-4F2hc bound to -tyrosine, -tryptophan, -leucine, and 3,4-dihydroxyphenylalanine, revealing distinct substrate binding modes. Comparative structural analysis highlights differences between LAT1 and LAT2 in substrate coordination, driven by key residues near the binding pocket that influence transport efficiency. These findings advance our mechanistic understanding of the LAT1-4F2hc complex and provide valuable insights for structure-based drug design targeting LAT1.
リンクJ Biol Chem / PubMed:40780412 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.58 Å
構造データ

35361

8ida

EMDB-35361, PDB-8ida:
Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tyrosine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

36073

8j8l

EMDB-36073, PDB-8j8l:
Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with L-dopa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

36074

8j8m

EMDB-36074, PDB-8j8m:
Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with tryptophan
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

37983

8x0w

EMDB-37983, PDB-8x0w:
Overall structure of the LAT1-4F2hc bound with Leu
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-TYR:
TYROSINE

ChemComp-DAH:
3,4-DIHYDROXYPHENYLALANINE / 神経伝達物質*YM

ChemComp-TRP:
TRYPTOPHAN

ChemComp-LEU:
LEUCINE

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / complex / amino acid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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