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タイトルUnsaturated bond recognition leads to biased signal in a fatty acid receptor.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 380, Issue 6640, Page eadd6220, Year 2023
掲載日2023年4月7日
著者Chunyou Mao / Peng Xiao / Xiao-Na Tao / Jiao Qin / Qing-Tao He / Chao Zhang / Sheng-Chao Guo / Ya-Qin Du / Li-Nan Chen / Dan-Dan Shen / Zhi-Shuai Yang / Han-Qiong Zhang / Shen-Ming Huang / Yong-Hao He / Jie Cheng / Ya-Ni Zhong / Pan Shang / Jun Chen / Dao-Lai Zhang / Qian-Lang Wang / Mei-Xia Liu / Guo-Yu Li / Yongyuan Guo / H Eric Xu / Chuanxin Wang / Cheng Zhang / Shiqing Feng / Xiao Yu / Yan Zhang / Jin-Peng Sun /
PubMed 要旨Individual free fatty acids (FAs) play important roles in metabolic homeostasis, many through engagement with more than 40G protein-coupled receptors. Searching for receptors to sense beneficial ...Individual free fatty acids (FAs) play important roles in metabolic homeostasis, many through engagement with more than 40G protein-coupled receptors. Searching for receptors to sense beneficial omega-3 FAs of fish oil enabled the identification of GPR120, which is involved in a spectrum of metabolic diseases. Here, we report six cryo-electron microscopy structures of GPR120 in complex with FA hormones or TUG891 and G or G trimers. Aromatic residues inside the GPR120 ligand pocket were responsible for recognizing different double-bond positions of these FAs and connect ligand recognition to distinct effector coupling. We also investigated synthetic ligand selectivity and the structural basis of missense single-nucleotide polymorphisms. We reveal how GPR120 differentiates rigid double bonds and flexible single bonds. The knowledge gleaned here may facilitate rational drug design targeting to GPR120.
リンクScience / PubMed:36862765
手法EM (単粒子)
解像度2.52 - 3.1 Å
構造データ

29736

8g59

EMDB-29736, PDB-8g59:
Cryo-EM structure of the TUG891 bound GPR120-Giq complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

35356

8id3

EMDB-35356, PDB-8id3:
Cryo-EM structure of the 9-hydroxystearic acid bound GPR120-Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

35357

8id4

EMDB-35357, PDB-8id4:
Cryo-EM structure of the linoleic acid bound GPR120-Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

35358

8id6

EMDB-35358, PDB-8id6:
Cryo-EM structure of the oleic acid bound GPR120-Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

35359

8id8

EMDB-35359, PDB-8id8:
Cryo-EM structure of the TUG891 bound GPR120-Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

35360

8id9

EMDB-35360, PDB-8id9:
Cryo-EM structure of the eicosapentaenoic acid bound GPR120-Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-35522: Cryo-EM structure of the TUG891 bound GPR120-Giq complex(mask on receptor)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

EMDB-35523: Cryo-EM structure of the TUG891 bound GPR120-Giq complex(mask on Giq-scFV16 complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

EMDB-35524: Cryo-EM structure of the eicosapentaenoic acid bound GPR120-Gi1 complex(mask on receptor)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.91 Å

EMDB-35525: Cryo-EM structure of the eicosapentaenoic acid bound GPR120-Gi1 complex(mask on Gil-scFV16 complex)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

EMDB-35529: Cryo-EM structure of the TUG891 bound GPR120-Giq complex (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

EMDB-35533: Cryo-EM structure of the eicosapentaenoic acid bound GPR120-Gi complex(consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-YN9:
3-{4-[(4-fluoro-4'-methyl[1,1'-biphenyl]-2-yl)methoxy]phenyl}propanoic acid / TUG-891

ChemComp-7NR:
9-Hydroxyoctadecanoic acid

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID / リノ-ル酸

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID / オレイン酸

ChemComp-EPA:
5,8,11,14,17-EICOSAPENTAENOIC ACID / エイコサペンタエン酸 / 薬剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / GPR120 / complex / fatty acid hormones

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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