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タイトルMolecular basis of anaphylatoxin binding, activation, and signaling bias at complement receptors.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 186, Issue 22, Page 4956-4973.e21, Year 2023
掲載日2023年10月26日
著者Manish K Yadav / Jagannath Maharana / Ravi Yadav / Shirsha Saha / Parishmita Sarma / Chahat Soni / Vinay Singh / Sayantan Saha / Manisankar Ganguly / Xaria X Li / Samanwita Mohapatra / Sudha Mishra / Htet A Khant / Mohamed Chami / Trent M Woodruff / Ramanuj Banerjee / Arun K Shukla / Cornelius Gati /
PubMed 要旨The complement system is a critical part of our innate immune response, and the terminal products of this cascade, anaphylatoxins C3a and C5a, exert their physiological and pathophysiological ...The complement system is a critical part of our innate immune response, and the terminal products of this cascade, anaphylatoxins C3a and C5a, exert their physiological and pathophysiological responses primarily via two GPCRs, C3aR and C5aR1. However, the molecular mechanism of ligand recognition, activation, and signaling bias of these receptors remains mostly elusive. Here, we present nine cryo-EM structures of C3aR and C5aR1 activated by their natural and synthetic agonists, which reveal distinct binding pocket topologies of complement anaphylatoxins and provide key insights into receptor activation and transducer coupling. We also uncover the structural basis of a naturally occurring mechanism to dampen the inflammatory response of C5a via proteolytic cleavage of the terminal arginine and the G-protein signaling bias elicited by a peptide agonist of C3aR identified here. In summary, our study elucidates the innerworkings of the complement anaphylatoxin receptors and should facilitate structure-guided drug discovery to target these receptors in a spectrum of disorders.
リンクCell / PubMed:37852260 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.88 - 4.55 Å
構造データ

EMDB-34943, PDB-8hpt:
Structure of C5a-pep bound mouse C5aR1 in complex with Go
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-34947, PDB-8hqc:
Structure of a GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.89 Å

EMDB-35257, PDB-8i95:
Structure of EP54-C3aR-Go complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

EMDB-35259, PDB-8i97:
Structure of Apo-C3aR-Go complex (Glacios)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

EMDB-35263, PDB-8i9a:
Structure of EP54-C3aR-Gq complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-35275, PDB-8i9l:
Structure of C3a-C3aR-Go complex (Composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-35282, PDB-8i9s:
Structure of Apo-C3aR-Go complex (Titan)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-35292, PDB-8ia2:
Structure of C5a bound human C5aR1 in complex with Go (Composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-35293: C3a-C3aR-Go (C3aR-Go complex only, Original Map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-35294: C3a-C3aR-Go (C3a only, Original Map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.55 Å

EMDB-35295: C5a-hC5aR1-Go (hC5aR1-Go complex only, Original map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.21 Å

EMDB-35296: C5a-hC5aR1-Go complex (C5a only, Original map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.88 Å

EMDB-36001, PDB-8j6d:
Structure of EP141-C3aR-Go complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-36755, PDB-8jzz:
Structure of human C5a-desArg bound human C5aR1 in complex with Go
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードSIGNATLING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / G protein / SIGNALING PROTEIN / SIGNATLING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Cell Signaling / Immune system

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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