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万見
- EMDB-36001: Structure of EP141-C3aR-Go complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36001
タイトルStructure of EP141-C3aR-Go complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of EP141-C3aR-Go complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: C3a anaphylatoxin chemotactic receptor
    • タンパク質・ペプチド: EP141 peptide agonist
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment - ScFv16
キーワードGPCR / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C3a receptor activity / complement component C5a receptor activity / complement receptor mediated signaling pathway / vesicle docking involved in exocytosis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / blood circulation / azurophil granule membrane / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of heart contraction / positive regulation of macrophage chemotaxis ...complement component C3a receptor activity / complement component C5a receptor activity / complement receptor mediated signaling pathway / vesicle docking involved in exocytosis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / blood circulation / azurophil granule membrane / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / regulation of heart contraction / positive regulation of macrophage chemotaxis / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled serotonin receptor binding / specific granule membrane / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / locomotory behavior / Regulation of Complement cascade / muscle contraction / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / positive regulation of angiogenesis / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / chemotaxis / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / cell body / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / dendrite / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
C3a anaphylatoxin chemotactic receptor / Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit ...C3a anaphylatoxin chemotactic receptor / Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / Formyl peptide receptor-related / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / C3a anaphylatoxin chemotactic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yadav MK / Yadav R / Maharana J / Sarma P / Banerjee R / Shukla AK / Gati C
資金援助 インド, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR29041/BRB/10/1697/2018 インド
Wellcome TrustIA/S/20/1/504916 英国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPR/2020/000408 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of anaphylatoxin binding, activation, and signaling bias at complement receptors.
著者: Manish K Yadav / Jagannath Maharana / Ravi Yadav / Shirsha Saha / Parishmita Sarma / Chahat Soni / Vinay Singh / Sayantan Saha / Manisankar Ganguly / Xaria X Li / Samanwita Mohapatra / Sudha ...著者: Manish K Yadav / Jagannath Maharana / Ravi Yadav / Shirsha Saha / Parishmita Sarma / Chahat Soni / Vinay Singh / Sayantan Saha / Manisankar Ganguly / Xaria X Li / Samanwita Mohapatra / Sudha Mishra / Htet A Khant / Mohamed Chami / Trent M Woodruff / Ramanuj Banerjee / Arun K Shukla / Cornelius Gati /
要旨: The complement system is a critical part of our innate immune response, and the terminal products of this cascade, anaphylatoxins C3a and C5a, exert their physiological and pathophysiological ...The complement system is a critical part of our innate immune response, and the terminal products of this cascade, anaphylatoxins C3a and C5a, exert their physiological and pathophysiological responses primarily via two GPCRs, C3aR and C5aR1. However, the molecular mechanism of ligand recognition, activation, and signaling bias of these receptors remains mostly elusive. Here, we present nine cryo-EM structures of C3aR and C5aR1 activated by their natural and synthetic agonists, which reveal distinct binding pocket topologies of complement anaphylatoxins and provide key insights into receptor activation and transducer coupling. We also uncover the structural basis of a naturally occurring mechanism to dampen the inflammatory response of C5a via proteolytic cleavage of the terminal arginine and the G-protein signaling bias elicited by a peptide agonist of C3aR identified here. In summary, our study elucidates the innerworkings of the complement anaphylatoxin receptors and should facilitate structure-guided drug discovery to target these receptors in a spectrum of disorders.
履歴
登録2023年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36001.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.49246013 - 2.0587044
平均 (標準偏差)0.0050536594 (±0.022231255)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 331.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36001_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36001_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of EP141-C3aR-Go complex

全体名称: Structure of EP141-C3aR-Go complex
要素
  • 複合体: Structure of EP141-C3aR-Go complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: C3a anaphylatoxin chemotactic receptor
    • タンパク質・ペプチド: EP141 peptide agonist
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment - ScFv16

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超分子 #1: Structure of EP141-C3aR-Go complex

超分子名称: Structure of EP141-C3aR-Go complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.193939 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHEN LYFQGTLSAE ERAALERSKA IEKNLKEDGI SAAKDVKLLL LGADNSGKST IVKQMKIIHG GSGGSGGTTG IVETHFTFK NLHFRLFDVG GQRSERKKWI HCFEDVTAII FCVDLSDYDQ VLHEDETTNR MHESLMLFDS ICNNKFFIDT S IILFLNKK ...文字列:
MGHHHHHHEN LYFQGTLSAE ERAALERSKA IEKNLKEDGI SAAKDVKLLL LGADNSGKST IVKQMKIIHG GSGGSGGTTG IVETHFTFK NLHFRLFDVG GQRSERKKWI HCFEDVTAII FCVDLSDYDQ VLHEDETTNR MHESLMLFDS ICNNKFFIDT S IILFLNKK DLFGEKIKKS PLTICFPEYT GPNTYEDAAA YIQAQFESKN RSPNKEIYCH MTCATDTNNA QVIFDAVTDI II ANNLRGC GLY

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha, Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.534062 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV ...文字列:
MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD IN AICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAG HDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: C3a anaphylatoxin chemotactic receptor

分子名称: C3a anaphylatoxin chemotactic receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.808422 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGKTIIALSY IFCLVFADYK DDDDAANFTP VNGSSGNQSV RLVTSSSLEV LFQGPGSASF SAETNSTDLL SQPWNEPPVI LSMVILSLT FLLGLPGNGL VLWVAGLKMQ RTVNTIWFLH LTLADLLCCL SLPFSLAHLA LQGQWPYGRF LCKLIPSIIV L NMFASVFL ...文字列:
MGKTIIALSY IFCLVFADYK DDDDAANFTP VNGSSGNQSV RLVTSSSLEV LFQGPGSASF SAETNSTDLL SQPWNEPPVI LSMVILSLT FLLGLPGNGL VLWVAGLKMQ RTVNTIWFLH LTLADLLCCL SLPFSLAHLA LQGQWPYGRF LCKLIPSIIV L NMFASVFL LTAISLDRCL VVFKPIWCQN HRNVGMACSI CGCIWVVAFV MCIPVFVYRE IFTTDNHNRC GYKFGLSSSL DY PDFYGDP LENRSLENIV QPPGEMNDRL DPSSFQTNDH PWTVPTVFQP QTFQRPSADS LPRGSARLTS QNLYSNVFKP ADV VSPKIP SGFPIEDHET SPLDNSDAFL STHLKLFPSA SSNSFYESEL PQGFQDYYNL GQFTDDDQVP TPLVAITITR LVVG FLLPS VIMIACYSFI VFRMQRGRFA KSQSKTFRVA VVVVAVFLVC WTPYHIFGVL SLLTDPETPL GKTLMSWDHV CIALA SANS CFNPFLYALL GKDFRKKARQ SIQGILEAAF SEELTRSTHC PSNNVISERN STTV

UniProtKB: C3a anaphylatoxin chemotactic receptor

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分子 #4: EP141 peptide agonist

分子名称: EP141 peptide agonist / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.825188 KDa
配列文字列:
WWGKKYRASK LGLAR

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #6: Antibody fragment - ScFv16

分子名称: Antibody fragment - ScFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.466486 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9530582
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8i95

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 914579
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8i95


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8j6d:
Structure of EP141-C3aR-Go complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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