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タイトルCryo-EM structure and molecular mechanism of abscisic acid transporter ABCG25.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 9, Issue 10, Page 1709-1719, Year 2023
掲載日2023年9月4日
著者Xiaowei Huang / Xue Zhang / Ning An / Minhua Zhang / Miaolian Ma / Yang Yang / Lianyan Jing / Yongfei Wang / Zhenguo Chen / Peng Zhang /
PubMed 要旨Abscisic acid (ABA) is one of the plant hormones that regulate various physiological processes, including stomatal closure, seed germination and development. ABA is synthesized mainly in vascular ...Abscisic acid (ABA) is one of the plant hormones that regulate various physiological processes, including stomatal closure, seed germination and development. ABA is synthesized mainly in vascular tissues and transported to distal sites to exert its physiological functions. Many ABA transporters have been identified, however, the molecular mechanism of ABA transport remains elusive. Here we report the cryogenic electron microscopy structure of the Arabidopsis thaliana adenosine triphosphate-binding cassette G subfamily ABA exporter ABCG25 (AtABCG25) in inward-facing apo conformation, ABA-bound pre-translocation conformation and outward-facing occluded conformation. Structural and biochemical analyses reveal that the ABA bound with ABCG25 adopts a similar configuration as that in ABA receptors and that the ABA-specific binding is dictated by residues from transmembrane helices TM1, TM2 and TM5a of each protomer at the transmembrane domain interface. Comparison of different conformational structures reveals conformational changes, especially those of transmembrane helices and residues constituting the substrate translocation pathway during the cross-membrane transport process. Based on the structural data, a 'gate-flipper' translocation model of ABCG25-mediated ABA cross-membrane transport is proposed. Our structural data on AtABCG25 provide new clues to the physiological study of ABA and shed light on its potential applications in plants and agriculture.
リンクNat Plants / PubMed:37666961
手法EM (単粒子)
解像度2.81 - 3.08 Å
構造データ

EMDB-35145, PDB-8i38:
Cryo-EM structure of abscisic acid transporter AtABCG25 in inward conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-35146, PDB-8i39:
Cryo-EM structure of abscisic acid transporter AtABCG25 with ABA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-35147, PDB-8i3a:
Cryo-EM structure of abscisic acid transporter AtABCG25 in outward conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-35148, PDB-8i3b:
Cryo-EM structure of abscisic acid transporter AtABCG25 in nanodisc
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-35149, PDB-8i3c:
Cryo-EM structure of abscisic acid transporter AtABCG25 with CHS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-35150, PDB-8i3d:
Cryo-EM structure of abscisic acid transporter AtABCG25
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.81 Å

化合物

ChemComp-A8S:
(2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / アブシジン酸 / ホルモン*YM

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / abscisic acid / transport / ABC transporter / plant hormone

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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