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タイトルFine structure and assembly pattern of a minimal myophage Pam3.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 4, Page e2213727120, Year 2023
掲載日2023年1月24日
著者Feng Yang / Yong-Liang Jiang / Jun-Tao Zhang / Jie Zhu / Kang Du / Rong-Cheng Yu / Zi-Lu Wei / Wen-Wen Kong / Ning Cui / Wei-Fang Li / Yuxing Chen / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /
PubMed 要旨The myophage possesses a contractile tail that penetrates its host cell envelope. Except for investigations on the bacteriophage T4 with a rather complicated structure, the assembly pattern and tail ...The myophage possesses a contractile tail that penetrates its host cell envelope. Except for investigations on the bacteriophage T4 with a rather complicated structure, the assembly pattern and tail contraction mechanism of myophage remain largely unknown. Here, we present the fine structure of a freshwater cyanophage Pam3, which has an icosahedral capsid of ~680 Å in diameter, connected via a three-section neck to an 840-Å-long contractile tail, ending with a three-module baseplate composed of only six protein components. This simplified baseplate consists of a central hub-spike surrounded by six wedge heterotriplexes, to which twelve tail fibers are covalently attached via disulfide bonds in alternating upward and downward configurations. In vitro reduction assays revealed a putative redox-dependent mechanism of baseplate assembly and tail sheath contraction. These findings establish a minimal myophage that might become a user-friendly chassis phage in synthetic biology.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:36656854 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度3.0 - 3.96 Å
構造データ

33799

7yfw

EMDB-33799, PDB-7yfw:
Cyanophage Pam3 fiber
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

33802

7yfz

EMDB-33802, PDB-7yfz:
Cyanophage Pam3 baseplate proteins
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

34678

8hdr

EMDB-34678, PDB-8hdr:
Cyanophage Pam3 neck
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

34679

8hds

EMDB-34679, PDB-8hds:
Cyanophage Pam3 portal-adaptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

34680

8hdt

EMDB-34680, PDB-8hdt:
Cyanophage Pam3 capsid asymmetric unit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.17 Å

34681

8hdw

EMDB-34681, PDB-8hdw:
Cyanophage Pam3 Sheath-tube
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

由来
  • uncultured cyanophage (ファージ)
キーワードVIRAL PROTEIN / fiber / VIRUS / baseplate / portal-adaptor / capsid asymmetric unit / Sheath-tube

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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